マルコ・ラミウス艦長が指揮する、ソ連の誇る最新原子力潜水艦レッド・オクトーバーが、アメリカ東海岸に接近した。アメリカ政府は、ラミウスの狙いはアメリカ攻撃だと判断する。だがCIA分析官だけは別の見解を示す。ラミウスは亡命しようとしていると言うのだ。だが自説を証明するためには、あと数時間の余裕しかない。なぜならソ連の海軍と空軍が総力をあげてレッド・オクトーバーを追っているから。かくして大西洋は海戦の場と化した…。

大学を卒業したばかりのハイメ・レイエスは、将来への希望を胸に故郷に戻った。世界における自分の目的を見つけようと模索する中、ハイメは思いがけずエイリアンのバイオテクノロジーが残された古代の遺物“スカラベ”を手にする。スカラベが突然ハイメを共生宿主として選ぶと、ハイメは驚異的で予測不可能な力を持つアーマースーツを授かる。そして、彼の運命は一変し、スーパーヒーロー“ブルービートル”となる。

森の奥深く、湖のほとりの山小屋でネルという若い女性が発見される。外界から隔絶されていた彼女は人間の言葉をしゃべらない。純粋な彼女の姿に、周囲の人々は次第に打ち解けていくのだが……。

第二次大戦末期、ドイツから極秘裏に運ばれた一つの秘密兵器があった。それは人造人間“フランケンシュタインの不死の心臓”である。日本軍はこの心臓をもとに、人間兵器を造ろうとしたのだ。だがそれは、広島の原爆によって研究途上で失われてしまう。そして十数年後、その心臓から再生した少年が登場したのだった……。

1942年北大西洋。1隻のドイツ潜水艦Uボート571号がイギリスの駆逐艦に攻撃され漂流、救難信号を発信する。 それを傍受したアメリカ海軍は潜水艦S-33をUボートに偽装、救援を装ってU571号を乗っ取り、ドイツ軍の最新暗号機（エニグマ）を奪取する作戦に出る。 しかし作戦実行中、救難信号を受けロリアンのUボート・ブンカーからU571号の救援に駆けつけた本物のUボートによってS-33が撃沈され乗組員のほとんどを失ってしまう。 敵潜水艦に取り残された副長ら数人は、扱いなれないUボート571号を駆使して、帰還しようとドイツ軍に立ち向かう。

動物管理局に勤めるウォルターは自分の誕生日に妻から妄想小説「ザ・ナンバー・23」という古本をプレゼントされた。ウォルターはその本を読んでいるうちに、本の中の主人公である探偵・フィンガリングと自分との多くの共通点を見つけ、その主人公が自分自身であり、自分の事が書かれている小説であると思い込む。本の中ではフィンガリングは「23」という数字に取り付かれていく。ウォルターも次第に「23」に取り付かれ、翻弄されていくのだった。世の中のあらゆる事象が「23」という数字に支配され、すべてが「23」に関連づけられている・・・と。ウォルターの身の回りの数字もすべてが「23」に見えてきた。日付、時間、車のナンバー、本のページ、エレベーターの階数、名前や言葉、番地、・・・。

1943年、イギリス軍の暗号解読センター。ここに様々な分野の専門家が集められナチスドイツの暗号化装置“エニグマ”機の解読が進められていた。その頃、チームの中心的存在で若き天才数学者のジェリコは、同じセンターで働く恋人クレアと喧嘩別れしたことが原因で神経衰弱に陥り、強制的に休暇を取らされていた。そんなある日、彼は急遽センターに呼び戻される。ようやく解読に成功したエニグマの暗号コードが突然変更されたのだ。連合軍は一転して窮地に立たされる。イギリス諜報部のウィグラムはこの一件でチーム内にスパイがいると睨み捜査を開始する…。

クローズZEROⅡから1カ月後。滝谷源治、芹沢多摩雄らが卒業し、新年度を迎えた鈴蘭高校では、空席になった“頂点”の座を狙って、 新3年生達が次々と名乗りをあげていた。頂点に最も近い男・強羅徹、そのライバルと目される高木哲次、お調子者を装うキレモノ・小岐須健一、 凶悪なる転入生・山下甲兵。しかし2人の男の登場で、鈴蘭の勢力図は大きく変わることになる。「自由気ままに生きたいだけ」と頂点争いに興味を 示さない3年転入生・鏑木旋風雄。本能のまま好戦的に暴れる新１年生・加賀美遼平。対照的な2人が互いを宿敵と認めたとき、鈴蘭史上例を見ない内部抗争が幕を開けた。 一方、黒咲工業高校を束ねる柴田浩樹は、暴行事件でドロップアウトした藤原一の存在に頭を悩ませていた。バイクチームO・D・Aのリーダー織田とともに、周辺の不良高校 生達に次々と襲撃を仕掛ける藤原。その真のターゲットは、内部抗争によって崩壊寸前の鈴蘭高校だった…。