名門音楽学校へと入学し、世界に通用するジャズドラマーになろうと決意するニーマン。そんな彼を待ち受けていたのは、鬼教師として名をはせるフレッチャーだった。ひたすら罵声を浴びせ、完璧な演奏を引き出すためには暴力をも辞さない彼におののきながらも、その指導に必死に食らい付いていくニーマン。だが、フレッチャーのレッスンは次第に狂気じみたものへと変化していく。

新たにスパイダーマンを継承した高校生のマイルズは、愛する人と世界を同時に救えないという事実にあらがって両方とも守り抜くと誓い、仲間と対立する。

1982年、南アフリカ共和国のヨハネスブルク上空に突如宇宙船が出現した。しかし、上空で静止した巨大な宇宙船からは応答や乗員が降りる様子はなく、人類は宇宙船に乗船しての調査を行うことを決定。知的生命体との接触に世界中の期待が集まる中行われた調査であったが、船内に侵入した調査隊が発見したのは、支配層の死亡と宇宙船の故障により難民となった大量のエイリアンであった。 乗船していたエイリアンたちは地上に移り、隔離地区である「第9地区」で難民として、MNU (英：Multi-National United) と呼ばれる超国家機関による管理・監視のもとで生活することになったが、文化や外見の違いから人間とエイリアン達との間では小競り合いが頻発する。人間達のエイリアンへの反発や差別は強まり、やがて彼等に対しては「エビ」（外見がエビ[=PRAWN]に似ているため）という蔑称が定着するようになった。 そして宇宙船出現から28年後、ついにエビ達を新たに用意された彼ら専用の居住区域である第10地区に移住させることが決定し、MNUの職員であるヴィカスは、立ち退き要請の同意を得るため第9地区を訪れるが、エイリアンの家で見つけた謎の液体を不注意により浴びてしまう。

どこか浮き足立った雰囲気を醸す感謝祭前日のニューヨーク。精神科医のネイサンは、元同僚のサックス医師から分裂症の患者を診てくれるよう頼まれる。患者は華奢な体つきのエリザベスという少女だったが、彼女はしばしば別の人格が表われ、信じられない力で暴力をふるうという。さっそく面談治療を始めたネイサンだが、その日は意味不明のひとことを聞き出すのがやっとだった。しかし翌日、ネイサンは愛娘ジェシーを誘拐され、犯人から「5時までにエリザベスから6桁の数字を聞き出せ」との要求を受けるのだった…。