De documentaire volgt Bill Maher tijdens een reis rond de wereld, waarin hij op zoek is naar meer informatie over God en religie. Maher's onorthodoxe manier van interviewen en zijn persoonlijkheid garanderen een zeer ongewone zoektocht naar spiritualiteit.

Omstreden documentaire die bestaat uit drie delen. Het eerste deel gaat over de oorsprong van het Christendom, voornamelijk de vergelijking met oude geloven gebaseerd op hemellichamen. Het tweede deel beschrijft een andere visie op de gebeurtenissen rond 9/11. Het derde deel behandelt de verborgen macht van rijke bankiers en hun invloed op de wereld zoals die nu is.

11 september 2001 was het dat de Verenigde Staten in rep en roer waren door toedoen van de aanslagen op het WTC en het Pentagon. Als schuldige werd Osama Bin Laden aangewezen en deze heeft dat ook in latere videobeelden erkend. Er zijn echter heel veel vragen over de aanslagen die onbeantwoord blijven tot op de dag van vandaag. Vragen die makkelijk te beantwoorden zijn door de Amerikaanse regering en vragen waarvan de informatie iets moeilijker te bemachtigen zou zijn. Bijna de helft van de Amerikaanse bevolking vertrouwt de verklaringen die de regering naar voren bracht in het 9/11 Commission Report niet.

America Undercover kijkt naar het fenomeen satanisme in de wereld. Er wordt gesproken met beoefenaars van satanaanbidding en er worden mensen geïnterviewd die beweren dat zij er het slachtoffer van zijn geworden. Het spreekt ook met enkele mensen die het satanisme voorgoed willen uitroeien.