En Frank, en Joe, en Marvin i la Victoria són agents especials ja retirats, als quals la nova administració de Washington desitja veure morts. El motiu és que eren els millors agents de la CIA, però saben massa.

La ciutat de Bricksburg encara no s’ha recuperat de la destrucció provocada pels Duplo. Tots els personatges s’han endurit excepte l’Emmet, que continua amb el seu tarannà positiu com si res hagués passat. L’arribada d’uns invasors de l’espai que segresten la Lucy, el Lego Batman i altres dels seus amics provoca que l’Emmet, acompanyat de la seva planta, vagi a rescatar-los. A l’espai trobarà nous aliats i explorarà nous mons per recuperar els seus amics.

Clutch Powers, l'intrèpid explorador de l'univers Lego, ha d'afrontar la seva missió més perillosa, i s'uneix a un equip d'especialistes: el Brick, el Bernie i la Peg. L'aventura els portarà primer fins al planeta-presó, i després fins al món medieval d'Ashlar. Un cop allà, amb la col·laboració d'una colla de personatges, hauran d'ajudar el príncep Varen, el legítim hereu del tron, a reunir el coratge que li manca per recuperar el regne, que ha caigut a les mans del malvat bruixot Mallock. Per enfrontar-se al terrible exèrcit d'esquelets de Mallock i dur a terme la missió amb èxit, hauran de demostrar un cop més les seves habilitats construint tota mena de figures i aparells amb les peces del Lego.