Berlatar abad ke-22, The Matrix menceritakan tentang seorang peretas komputer yang bergabung dengan sekelompok pemberontak bawah tanah melawan komputer-komputer besar dan kuat yang kini menguasai bumi.

Betty (Naomi Watts), seorang calon aktris yang ceria dan berbakat tiba di Los Angeles dan menemukan seorang perempuan misterius Rita (Laura Harring) - yang mengalami amnesia akibat kecelakaan yang terjadi di Mulholland Drive. Betty kemudian membantu Rita untuk mencari tahu siapa dirinya dan apa yang terjadi.

Setelah kejar-kejaran polisi dengan makhluk dunia lain, seorang polisi Kota New York direkrut sebagai agen dalam organisasi rahasia yang didirikan untuk memantau dan mengawasi aktivitas alien di Bumi: Men in Black. Agen K dan agen rekrutan baru Agen J menemukan diri mereka di tengah rencana mematikan teroris antargalaksi yang telah tiba di Bumi untuk membunuh dua duta besar dari galaksi berlawanan.

Enam bulan setelah peristiwa yang digambarkan dalam The Matrix, Neo telah terbukti menjadi pertanda baik bagi manusia bebas, karena semakin banyak manusia yang dibebaskan dari matriks dan dibawa ke Zion, satu-satunya benteng Perlawanan. Neo sendiri telah menemukan kekuatan supernya termasuk kecepatan super, kemampuan untuk melihat kode benda-benda di dalam matriks dan tingkat pra-kognisi tertentu. Namun sebuah berita buruk menghantam perlawanan manusia: 250.000 mesin penjaga sedang menggali ke Zion dan akan mencapai mereka dalam 72 jam. Saat Sion bersiap menghadapi perang pamungkas, Neo, Morpheus, dan Trinity disarankan oleh Oracle untuk menemukan Pembuat Kunci yang akan membantu mereka mencapai Sumber. Sementara itu mimpi berulang Neo yang menggambarkan kematian Trinity telah membuatnya khawatir dan seolah-olah itu belum cukup, Agen Smith entah bagaimana lolos dari penghapusan, menjadi lebih kuat dari sebelumnya dan telah menetapkan Neo sebagai target berikutnya.

Kota manusia Zion mempertahankan diri dari invasi besar-besaran mesin saat Neo berjuang untuk mengakhiri perang di front lain sekaligus melawan Agen Smith.

Kay dan Jay bersatu kembali untuk memberikan yang terbaik, terakhir dan satu-satunya garis pertahanan melawan penggoda jahat yang memberikan tantangan terberat terhadap pernyataan misi MIB yang tidak ternoda – melindungi Bumi dari sampah alam semesta. Sudah empat tahun sejak agen pencari alien mencegah bencana antargalaksi yang sangat besar. Sekarang saatnya berpacu dengan waktu karena Jay harus meyakinkan Kay – yang tidak hanya sama sekali tidak ingat waktu yang dihabiskannya dengan MIB, tetapi juga satu-satunya orang yang masih hidup yang memiliki keahlian untuk menyelamatkan galaksi – untuk bersatu kembali dengan MIB sebelumnya. bumi tunduk pada kehancuran akhir.