ニューヨークの駅構内。不審な行動を見咎められ警察に連行される謎の男プロート。彼は自らを遥か1,000光年彼方のK－PAX星からやって来た異星人だと名乗り精神病院に送られる。プロートの治療に当たるのは精神科のパウエル医師。初めのうちは単なる妄想か虚言と高を括っていたパウエルだったが、その落ち着き払った言動や理路整然とした説明にかすかな疑問を抱き始める。さらに、プロートの存在は他の患者たちにも強い影響を与え、パウエルが治せずにいる患者たちがみるみる回復していく。

国連で通訳として働くシルビアは、謎の人物たちのグー語の会話から、ある人物の暗殺計画を偶然立ち聞きしてしまう。彼女の周りに怪しい人物が暗躍し、シークレット・サービスのトビンが彼女を守る任務につく。

立方体“CUBE”型の密室に仕掛けられた殺人トラップの恐怖が若者たちを襲うという斬新な設定で人気を博したホラー・シリーズの第3弾。今回は第1作「CUBE」以前へとさかのぼり、CUBE誕生に秘められた数々の謎が明かされていく。鋼鉄でできた立方体の密室で一人の男が目覚める。次の部屋へ入り込んだ男は、ノズルから噴き出した液体を浴び絶命した。その一部始終をモニタ越しに眺めていたCUBEの職員ウィンとドッド。職務に忠実なドッドに対し、ウィンは被験者の一人である若い女性レインズに特別な関心を寄せていた…。

ポツダム会談の取材のため、ベルリンを訪れたアメリカ人従軍記者のジェイク（ジョージ・クルーニー）。かつて、ベルリンに残してきた恋人のレーナ（ケイト・ブランシェット）に再会するも、彼女はジェイクの運転手タリー伍長（トビー・マグワイア）の恋人となっていた。そんな中、銃殺されたタリー（トビー・マグワイア）の遺体がソ連占領地区で発見され……。