Apocalypto on suuren Maya-kulttuurin viimeisiin päiviin sijoittuva myyttinen toimintaseikkailu yhden miehen vaarallisesta matkasta pelon ja sorron valtakuntaan. Rakkauden siivittämänä hän uhmaa kohtaloaan ja yrittää pelastaa perheensä ja oman kulttuurinsa.
Eletään vuotta 1757. Englantilaiset ja ranskalaiset käyvät veristä taisteluaan uuden mantereen hallinnasta jo kolmatta vuotta. Sota on imaissut syövereihinsä kaikki lähiseutujen asukkaat ja sattumalta myös kolme viimeistä lähialueiden mohikaaniheimon edustajaa tempaistaan tapahtumiin mukaan.
Eversti William Ludlow eroaa armeijasta vastalauseena hallituksen intiaanipolitiikalle. Hän muuttaa kolmen poikansa Alfredin, Samuelin ja Tristanin kanssa Montanan kesyttömään erämaahan. Kun nuori Samuel eräänä päivänä esittelee perheelleen tulevan vaimonsa Susannahin, tunteet leimahtavat. Mutta pian Euroopassa puhkeaa ensimmäinen maailmansota ja veljekset matkaavat taisteluihin, vastoin isänsä tahtoa.
"Catherine Weldon on New Yorkissa asuva muotokuvamaalari. Hän haluaa tehdä kulttuuriteon ja päättää vuonna 1890 lähteä Dakotaan maalatakseen yhden viimeisen suuren intiaanipäällikön, eli Istuvan Härän muotokuvan. Matkasta muodostuu vaikea ja Catherine saa huomata, etteivät kaikki suinkaan suhtaudu suopeasti edes reservaateissa rauhassa asuviin intiaaneihin tai heidän auttajiinsa. Alkuvaikeuksien jälkeen Catherine kuitenkin onnistuu ystävystymään Istuvan Härän kanssa ja saa tältä intiaaninimekseen Woman Walks Ahead.
Victor ja Thomas ovat nuoria intiaaneja, jotka ovat kasvaneet reservaatissa. Victorin juoppo isä, Arnold, on jättänyt perheensä vuosia sitten eikä Victor pysty salaamaan katkeruuttaan. Kun Arnold kuolee, saa Victor tehtäväkseen käydä noutamassa isänsä jäämistön. Thomas tarjoutuu maksamaan matkan sillä ehdolla, että Victor ottaa hänet mukaansa. Niin kaksi vihamiestä lähtee matkalle, jonka aikana toinen heistä oppii tuntemaan miehen, jota sekä kaipasi, että vihasi ja toinen miehen, jolle on henkensä velkaa.
Richard Harris on englantilainen hienostoherra, joka otetaan vangiksi Sioux-heimoon ja saa tehtäväkseen palvella heimon päällikön iäkästä äitiä. Vähitellen hän omaksuu heimon elämäntavat ja ihastuu päällikön viehättävään siskoon. Ennen kuin intiaanit voivat hyväksyä valkonaaman kunnialliseksi ja tasavertaiseksi jäsenekseen on hänellä edessään koettelemus, Sun Vow. Tämä brutaali intiaanirituaali on jotain sellaista, jota sivistynyt ihminen ei kykene edes kuvittelemaan.
Toisen maailmansodan aikana Saipanin saarella käydään verinen taistelu, jossa kersantti Joe Endersin tehtävänä on suojella Ben Yahzeeta. Tämä on Navajoa - ainoaa koodia jota vihollinen ei ole onnistunut murtamaan - puhuva nuori koodinlähettäjä. Jos Yahzee - johon Joe vähitellen ystävystyy - joutuu Japanilaisten käsiin on Endersin päätettävä miten pitkälle hän on valmis menemään pelastaakseen sotavoimiensa suurimman salaisuuden.
Ystäviensä Meekon, Flitin ja Percyn kanssa Pocahontas purjehtii Englantiin rauhan lähettiläänä. Ensin Lontoon outo muoti ja kummalliset tavat hämmästyttävät häntä, mutta Pocahontas ystävystyy pian komean englantilaisen John Rolfen kanssa. Salaperäisen muukalaisen saapuminen pakottaa Pocahontasin valitsemaan tutun, vanhan elämänsä ja tulevaisuuden polun välillä.