ゴジラシリーズ第16作。ゴジラ生誕30周年記念として前作から9年振りに制作された。1975年まで制作された「昭和シリーズ」との繋がりはなく、第1作(1954年)「ゴジラ」の直接の続編としてリブートされた、俗に言う「平成シリーズ」の第1作。大黒島沖で遭難した漁船の生存者・奥村は荒れ狂う嵐の中で巨大な怪物の姿を目撃していた。奥村を救助した東都日報の牧は生物学者・林田の助言を求めるが、林田は30年前に帝都を襲撃し東京湾で葬られたゴジラが目覚めたと推測。はたしてゴジラは復活していた。ソ連原潜を沈め、静岡井浜原発に現れると放射能を吸収し海へと消えたゴジラ。だがそれは破滅へのプロローグでしかなかった。

陸軍に所属する軍人のポール・ブレナーは、軍に密かに潜入し、軍隊の中で起きている事件捜査する捜査官。その彼が、友人のケント大佐から依頼を受けジョージア州にある陸軍訓練基地で潜入捜査をしている最中に、女性士官が絞殺され、裸体で発見される事件が起きる。ポールは、この事件がレイプ事件なのか？という疑惑から、レイプ専門の捜査官サラ・サンヒルと協力して事件の捜査に当たることに。殺された女性士官の名前はエリザベス・キャンベル。陸軍では英雄と知られるキャンベル将軍の娘で、優秀な女性士官なのだが、捜査を進めるうちに彼女の派手な性生活が明らかとなり…。

アラスカ州北部の町・ノームでは、これまで多数の住民が行方不明になってきた。2000年10月、心理学者・タイラー博士の元に、不眠症を訴える住民が次々と訪れる。不審に思ったタイラー博士は、催眠療法で彼らが眠れない理由を解明しようとするが…。

高校生最後の夏休み、海辺で大騒ぎした2組のカップルが車で男をはねてしまう。死体を海に沈めて秘密を守る4人だったが、翌年、1人のもとに一通の手紙が届く。それは連続猟奇殺人の幕開けだった……。若者たちの恐怖を描いたホラー作品。