2006～08年に計2シーズンが放送された人気アニメ「コードギアス　反逆のルルーシュ」を再構築した劇場版3部作の完結編。全50話のテレビアニメを再編集し、新作カットを加えて全編新規アフレコを行った。世界支配をもくろむ巨大帝国ブリタニアと、ブリタニアに反旗を翻す黒の騎士団がついに激突する。それは、黒の騎士団を率いる仮面の男ゼロ＝ルルーシュの思惑通りだったが、妹ナナリーの存在がルルーシュの計算を狂わせていく。一方、ブリタニアの第2皇子シュナイゼルが黒の騎士団に接触。ゼロの秘密を明かし、黒の騎士団の統制を内部から揺るがせようとしていた。そうして戦いは激化していき、あらゆる人々の怒りや悲しみ、執着や願いも飲み込んでいくが……。

母を何者かに殺され、父である神聖ブリタニア帝国皇帝に国を追われた忘却の皇子、ルルーシュ。彼は神聖ブリタニア帝国に占領された日本――エリア11でその正体を隠しながら暮らしていた。母を死に至らしめ、妹ナナリーの目と足の自由を奪った神聖ブリタニア帝国の打倒。謎の美少女C.C.から絶対遵守の力・ギアスを授けられた時、ルルーシュの野望が実現へと向けて動き出す――。

仮面の反逆者「ゼロ」として反ブリタニア勢力「黒の騎士団」を率いるルルーシュ。親友のスザクはブリタニア第3皇女ユーフェミアの騎士に任命され、それぞれの立場で力をつけていく2人だったが、ユーフェミアがエリア11副総督として行政特区「日本」の発足を発表し、大きな転機が訪れる。行政特区日本が実現すれば黒の騎士団の存在意義が失われてしまうことから、ルルーシュはユーフェミアとの面会を試みるが・・・。

イオとの死闘を制したダリルは、ジオン残党軍の一員として地球にいた。彼は奪われたサイコ・ザクの情報を得るための諜報任務に就いていたのだ。 一方、新たな仲間と共に「サンダーボルト作戦」に参加したイオの前に、南洋同盟国境守備隊隊長を名乗るペール中佐が立ち塞がる。 海中で、氷原で、密林で繰り広げられる、ジオン、連邦、南洋同盟、三つ巴のモビルスーツ戦。 戦争はまだ、終わってはいなかった――。

監督の元に数々の女性から送られてくる刺激的な手紙や写真、ビデオテープ。「監督、私の体験を聞いて」。監督はそれらを基に、彼女たちの情事、欲望、妄想を官能的な映像へと昇華させる。赤裸々な女性たちの性の７つの物語は、常識的な観客のモラルを覆す。