Mannen som blir reddet har ingenting annet på seg enn kulehullene i ryggen og et kontonummer til en sveitsisk bank operert inn i hoften. Han har mistet hukommelsen, og er uten identitet eller bakgrunn. Men han innehar en rekke uvanlige talenter innen kampsport, språk og selvforsvar som vitner om en farlig fortid. En bankboks i Zürich inneholder et bredt utvalg av pass, en stor bunke kontanter, et automatvåpen og et navn ... Jason Bourne ... med en adresse i Paris. Hva det betyr er fortsatt en mysterium, men Bourne innser straks at selv om han ikke kjenner noen, er det mange som vil gjenkjenne ham, og som ikke ønsker ham vel.

Alt han vil er å forsvinne. Istedenfor er nå Jason Bourne jaktet på av folkene som gjorde ham til den han er. Han har mistet hukommelsen og kvinnen han elsket, så han kan ikke stoppes av kuler eller en ny generasjon av snikskyttere. Bourne har bare et mål: å gå tilbake til begynnelsen og finne ut hvem han var.

Det pågår en intens etterforskning av den mystiske forsvinningen av en liten jente. To unge privatetterforskere er hyret inn for å se nærmere på forsvinningssaken, og oppdager raskt at ingenting er som det ser ut som. Etter hvert som etterforskningen skrider frem, blir de nødt til å risikere alt; forholdet seg i mellom, forstanden og til og med deres eget liv for å finne den savnede lille jenta.