ニューヨーク。高校生ピーターはクモのようなパワーを持つ正義のヒーロー、スパイダーマンでもあるが、恋人グウェンの亡き父親と交わした“彼女を危険に巻き込まないよう別れる”という約束を果たせずに悩む。そのころ町では孤独な男性マックスが勝手に自分がスパイダーマンのパートナーだと思い込む一方、ピーターの旧友ハリーの父親が総帥を務める巨大企業“オズコープ”がなぜかずっとピーターを監視していた事実が分かる。

満席の観客で賑わうウクライナのオペラハウスで、テロ事件が勃発。罪もない人々の大量虐殺を阻止するべく、特殊部隊が館内に突入する。部隊に参加していた名もなき男（ジョン・デヴィッド・ワシントン）は、仲間を救うため身代わりとなって捕えられ、毒薬を飲んでしまう…しかし、その薬は何故か鎮痛剤にすり替えられていた。昏睡状態から目覚めた名もなき男は、フェイと名乗る男から“あるミッション”を命じられる。それは、未来からやってきた敵と戦い、世界を救うというもの。未来では、“時間の逆行”と呼ばれる装置が開発され、人や物が過去へと移動できるようになっていた。 ミッションのキーワードは＜TENET（テネット）＞。「その言葉の使い方次第で、未来が決まる」。謎のキーワード、TENET（テネット）を使い、第三次世界大戦を防ぐのだ。突然、巨大な任務に巻き込まれた名もなき男。彼は任務を遂行する事ができるのか？

人類の最期の砦「ザイオン」に残されたのは72時間。それを過ぎれば25万のセンチネルに襲われるだろう。しかしモーフィアスの信念は堅い。オラクルによればネオがこの戦争に終止符を打つ。一方のネオはヒントを得るためオラクルに会いに行く。

1997年のアメリカ。世の中は文明に犯され、町には暴力が氾濫し、かつては世界の若者の憧れの地であったニューヨークは、今や巨大な監獄と化していた。そこには全米の囚人300万人が放たれ、夢も希望もない生活を送っていた。マンハッタン島の周囲は高い壁が巡らされ、全ての川には電流が流れ、常に上空をヘリコプターが旋回し、自由の女神像はリバティーアイランド・セキュリティー・コントロールと呼ばれる監視塔となっていた。

昏睡状態のネオはマトリックスとソースの狭間に捕らえられていた。ネオを信じるトリニティーらは彼を救出する。一方スミスは新たな段階へと進む。その間もザイオンにはセンティネルが近づきつつあった。

40年代。テスト・パイロットのダニエルは恋人が事故に遭い植物人間となってしまったことに絶望し、友人が開発した冷凍保存装置の実験台となる。そして50年が経ち、完全に忘れさられていた装置に、一人の少年が触れたことでダニエルは蘇ってしまう。彼は少年の家に、厄介になることに。そこへ、死んだはずの恋人が生きているという噂。彼と少年、そしてその母は、懸命に彼女の行方を探し求める…。

覆面監督による作品として話題を呼んだ、異色SF大作。宇宙を行く緊急救助船が、任務遂行中に致命的な事故に遭う。