両親と共に引越し先の新しい家へ向かう10歳の少女、千尋。しかし彼女はこれから始まる新しい生活に大きな不安を感じていた。やがて千尋たちの乗る車はいつの間にか“不思議の町”へと迷い込んでしまう。その奇妙な町の珍しさにつられ、どんどん足を踏み入れていく両親。が、彼らは“不思議の町”の掟を破ったために豚にされてしまう。
山里に住む若者アシタカは、怒りと憎しみにより“タタリ神”と化した猪神から呪いをかけられてしまう。呪いを解く術を求めて旅に出るアシタカはやがて、西方の地で“タタラ”の村にたどり着く。エボシ御前が率いるその村では、鉄を造り続けていたが、同時にそれは神々の住む森を破壊することでもあった。そして、そんなタタラ達に戦いを挑むサンの存在をアシタカは知る。人の子でありながら山犬に育てられた彼女は“もののけ姫”と呼ばれていた。
マイク・デイビスは戦場から生き延びて帰還するが、戦場で心の傷を負い、気持ちの晴れない日々を送る。図書館司書となったマイクは歌手志望のジルと出会って恋に落ちる。都会でのレコード・デビューが決まったジルはマイクに二人で街に住もうと告げるが、マイクはその申し出を受け入れることができない。
1988年、関東地区に新型爆弾が使用され、第3次世界大戦が勃発した――。2019年、ネオ東京。金田をリーダーとするバイクの一団は進入禁止の高速道を疾走していた。しかし、先頭にいた島鉄雄は突然視界に入った奇妙な小男をよけきれずに転倒、負傷する。小男と鉄雄は直ちに現れたアーミーのヘリに収容され飛び去ってしまった。翌日、鉄雄を捜す金田は、少女ケイと出会う。彼女は反政府ゲリラの一員で“アキラ”という存在を追っていた。その頃、鉄雄はアーミーのラボで強力なクスリを連続投与され、不思議な力を覚醒し始めていた…。
筒井康隆の小説『時をかける少女』が原作であるが、原作の物語の映画化ではなく、原作の出来事から約20年後を舞台に次世代の登場人物が繰り広げる物語を描く続編である。
《これは、ゲームであっても遊びではない。》 世界初のVRMMORPG《ソードアート・オンライン》がデスゲームと化し、 １万人のユーザーがゲームの世界に閉じ込められてから、既にひと月以上が過ぎていた。 鋼鉄の浮遊城《アインクラッド》第一層を攻略したアスナは、 キリトとコンビを組んだまま、最上階を目指し旅を続けていた。 女情報屋アルゴの協力も加わり、攻略は順調に進んでいるかのように見えたが…… 攻略を先導するトッププレイヤー集団、《ALS》（アインクラッド解放隊）と《DKB》（ドラゴンナイツブリゲード）。 本来は共闘すべき2大ギルドの対立が勃発する。 その陰には、暗躍する謎の人物の姿が――。 死と隣合わせの危険な戦いのなか、《攻略》とはまた異なる《脅威》が、 アスナとキリトを巻き込んでいく――！
戦乱の時代。 明国の武装集団に追われる仔太郎という少年がいた。 逃げこんだ荒寺で仔太郎は、名を捨て刀を封印した不思議な浪人「名無し」と出会う。 赤池の領主と連携をとりながら仔太郎を追ってきた武装集団は、そこで名無しと対峙する。 仔太郎に隠された秘密はあまたの野心を触発し、名無しはのちの宿敵となる男、羅浪と巡り会う。 それぞれの思惑が一気に激流へと変化していく中、果たして仔太郎と名無しの運命は・・・
物語は、広島県広島市舟入本町（現在の広島市中区舟入本町）に住む国民学校2年生の主人公・中岡元（なかおか げん “以下、ゲン”）が、当時日本と交戦していたアメリカ軍により1945年8月6日に投下された原爆で、父・大吉（だいきち）、姉・英子（えいこ）、弟・進次（しんじ）の3人を亡くしながらも、たくましく生きる姿を描く。
西暦2029年。他人の電脳をゴーストハックして人形のように操る国際手配中の凄腕ハッカー、通称「人形使い」が入国したとの情報を受け、公安9課は捜査を開始するが、人形使い本人の正体はつかむことが出来ない。 そんな中、政府御用達である義体メーカー「メガテク・ボディ社」の製造ラインが突如稼動し、女性型の義体を一体作りだした。義体はひとりでに動き出して逃走するが、交通事故に遭い公安9課に運び込まれる。調べてみると、生身の脳が入っていないはずの義体の補助電脳にはゴーストのようなものが宿っていた。
舞台は1923年のドイツ（ワイマール共和国）にあるミュンヘン。この頃のドイツでは、第一次世界大戦敗戦後の、インフレに伴う貧困に喘ぎながら、それでも人々は懸命に生きていた。 アニメ最終話で錬金術世界から現実世界へと飛ばされたエドワードは18歳になり、元の世界に戻る為にロケット工学を研究していたが、先の見えない現実に焦燥していた。その頃、エドの同居人で「自らの手でロケットを作りたい」と夢見るアルフォンス・ハイデリヒは、パトロンを得て念願のロケット製作に着手する。しかしその裏には謎の組織・トゥーレ協会の陰謀が隠されていた。 あるとき、街で行われたカーニバルに来ていたエドワードは一人の女性に出会った。彼女の名は「ノーア」。彼女には、自分が触った相手の心の中や記憶を観る事ができるという不思議な力があった。彼女は「ジプシー」と呼ばれる被差別民族で、自分たちのことは「ロマ」と呼んでいた。そんな彼女と出会ったエドワードは、次第にドイツで起ころうとしている壮大な計画へと巻き込まれてゆく。そしてそれは同時に、錬金術世界の破滅の危機をも意味していた。 一方、アメストリスで13歳に成長したアルフォンスは兄を探す旅に出る。アルはエドとともに旅した4年間の記憶を失くしていたのだった。そして大切な思い出とともに、希望が時に予想だにしない悲劇を引き起こすことになるということも忘れていた。「兄さんに会いたい」その純粋な想いの果てに悲劇が待っているとは知らずに…。 引き裂かれた兄弟、シャンバラを求める者。門の鍵を為す者、様々な人間の思惑と欲望を孕んで物語の幕は再び上がる。
「未来、たぶん日本。“ロボット”が実用化されて久しく、“人間型ロボット”（アンドロイド）が実用化されて間もない時代。」 高校生のリクオは、所有するハウスロイド「サミィ」の行動記録の中に、命令した覚えのない行動を発見する。友人のマサキを誘って記録された場所に向かってみると、そこには「イヴの時間」という不思議な喫茶店があった。 そこに集う様々な人間やアンドロイド達との関わりの中で、それぞれが少しずつ影響を及ぼしあい、変わっていく。やがてそれは、外の世界へもかすかな、しかし確実に波紋を広げることとなる。
幼い頃にけがをさせてしまったランスロットと、久しぶりに再会を果たしたトリスタン。命の危機に陥った母を救うため、トリスタンは自身の内に渦巻く闇の力に打ち勝てるのか!?
あの戦いから2年。 セフィロスがもたらした大破壊から立ち直りつつあった 魔晄都市「ミッドガル」を、謎の厄災が襲う。 「星痕症候群」と呼ばれるその病は、治療方法も見つからないまま次々と人々を死に至らしめていく。 この病に呼応するかのように現れた新たなる敵。 平和と引き換えに大事な仲間達を失い、深い自責の念に心を閉ざしていたクラウドは、眼前に迫った避けようのない戦いを前に思い悩む。 「罪って許されるのか。」 長い葛藤の末、ついに戦いを決意するクラウド。 敵の目的は何なのか?なぜ人々が病に倒れるのか? 人知を超えた戦いの先に待ち受けていた真実とは──。
各国の軍事衛星をオリュンポスの管理下に置く事を議題とした国際会議の開催を控え、デュナン達ESWATはテロリストの鎮圧に従事していたが任務中に彼女を庇ったブリアレオスが負傷した。傷心のデュナンの前に、新たなパートナーとしてブリアレオスの遺伝子から創られた生身の彼と同じ顔の戦闘用バイオロイド・テレウスが現れる。やがて国際会議の開催中に、ウェアラブル・インターフェイスの着用者が突然正気を失い破壊活動を行う事件が頻発する。しかしそれは、さらなる大規模なサイバーテロの予兆に過ぎなかった。