L'espectacular batalla entre els Evangelion, les màquines de combat definitives creades per la humanitat, i les insondables entitats conegudes com a Ángeles s'intensifica fins a aconseguir el punt de ruptura a partir del qual ja res tornarà a ser com abans. Sota l'incessant ataqui invasor, l'agència NERV activa dues noves unitats d'Eva pilotades per la misteriosa Mari Illustrious Makinami i l'agressiva Asuka Langley Shikinami.

L'any 199X la Terra va passar a ser un entorn hostil per als seus habitants. En el món ara governen els més poderosos, i és que la força s'ha convertit en l'element més important i valorat. La situació fa un gir de cent vuitanta graus en el moment en què fa acte de presència El puny de l'estel del nord, un guerrer conegut per ser l'hereu de l'art marcial més poderós que mai ha existit.

En un escenari post-apocalíptic, la humanitat es redueix a petits assentaments dedicats a produir energia elèctrica. Amb les fonts de combustibles fòssils i nuclears gairebé esgotades, les comunitats depenen de l'electricitat creada naturalment, ja sigui per aire, aigua o força muscular (l'última s'usa com a càstig per als criminals i altres indesitjables d'aquesta societat). Sota el lema "Tots al servei de tots", tothom ha de contribuir al benestar de la societat.