生化学者・永島利明は事故死した妻・聖美（きよみ）の肝細胞の培養を始める。それは、聖美を生き続けさせるためだった。順調な増殖を示す聖美の肝細胞。中でもミトコンドリアの増殖は異常ですらあった。時を同じくして聖美から腎臓の提供を受けた少女、真理子の身体にも異変が生じていた。全ては10億年前に人類の体細胞に侵入し、寄生という形の共存を続けてきたミトコンドリアの、新たな生命体への進化を目的とした計略だった。

陸上自衛隊の人工磁場発生器の実験中に事故が発生、的場一佐率いる精鋭部隊が４６０年前の戦国時代にタイムスリップしてしまった。仲間を救いだし、歴史を修正するために的場の元部下で元自衛隊の鹿島と事故を引き起こしてしまった神崎はロメオ隊とともにタイムスリップを敢行する。