ちょっと下品な漫画を描いてる漫画家の後藤可久士。 一人娘の小学4年生の姫。 可久士は、何においても、愛娘・姫が最優先。 親バカ・可久士が娘・姫に知られたくないこと。 それは…… 自分の仕事が『漫画家』であること。 そして…… 姫の母親の行方のこと。 可久士の後悔、姫の決意。 父が娘にしていた愛と笑いの先にある”かくしごと” その箱がひとつひとつ紐解かれていく未来にはーー。

宇宙世紀0083年。新たに開発された2機のガンダムのうち、核弾頭を運用する試作2号機GP02Aが、ジオン軍残党デラーズ・フリートに所属するアナベル・ガトーによって強奪された。 試作1号機GP01のパイロットになったコウ・ウラキは、アナハイム社のSE、ニナ・パープルトンとともに、ガトーを追撃するために新鋭艦アルビオンで宇宙へと上がった。そのコウを迎え撃ったのは、デラーズ・フリートに参加するシーマ・ガラハウだった。　シーマに敗北を喫するコウ。その時、アルビオン艦内には、エギーユ・デラーズの演説が響き渡っていた。それはデラーズ・フリートの宣戦布告であり、星の屑作戦の開幕を告げるものだった。

2006～08年に計2シーズンが放送された人気アニメ「コードギアス　反逆のルルーシュ」を再構築した劇場版3部作の完結編。全50話のテレビアニメを再編集し、新作カットを加えて全編新規アフレコを行った。世界支配をもくろむ巨大帝国ブリタニアと、ブリタニアに反旗を翻す黒の騎士団がついに激突する。それは、黒の騎士団を率いる仮面の男ゼロ＝ルルーシュの思惑通りだったが、妹ナナリーの存在がルルーシュの計算を狂わせていく。一方、ブリタニアの第2皇子シュナイゼルが黒の騎士団に接触。ゼロの秘密を明かし、黒の騎士団の統制を内部から揺るがせようとしていた。そうして戦いは激化していき、あらゆる人々の怒りや悲しみ、執着や願いも飲み込んでいくが……。

母を何者かに殺され、父である神聖ブリタニア帝国皇帝に国を追われた忘却の皇子、ルルーシュ。彼は神聖ブリタニア帝国に占領された日本――エリア11でその正体を隠しながら暮らしていた。母を死に至らしめ、妹ナナリーの目と足の自由を奪った神聖ブリタニア帝国の打倒。謎の美少女C.C.から絶対遵守の力・ギアスを授けられた時、ルルーシュの野望が実現へと向けて動き出す――。

仮面の反逆者「ゼロ」として反ブリタニア勢力「黒の騎士団」を率いるルルーシュ。親友のスザクはブリタニア第3皇女ユーフェミアの騎士に任命され、それぞれの立場で力をつけていく2人だったが、ユーフェミアがエリア11副総督として行政特区「日本」の発足を発表し、大きな転機が訪れる。行政特区日本が実現すれば黒の騎士団の存在意義が失われてしまうことから、ルルーシュはユーフェミアとの面会を試みるが・・・。

ギターを愛する孤独なぼっちちゃんこと、後藤ひとりは、極度の人見知りだった。彼女は家でひとりきり、ギターを弾く日々を送っていたが、伊地知虹夏がドラムを務める結束バンドに加入する。人前で演奏することに不慣れだった彼女は、徐々に変化を見せ始める。