「アマゾンプロジェクト」の責任者・水澤令華のもとに2年前から養子として引き取られた一人の青年・水澤悠がいた。彼も自らの変調に気付きつつあった。そしてアマゾンを狩るアマゾン、鷹山仁も独自に行動を開始していた。その男の目的は依然謎のままである…様々な思惑が錯綜する中、悠と仁の出会いによって物語は大きく動き出すのであった。

あれから5年…。トラロック事件によりアマゾン大量流出事件は終息したかに見えたが、事態は思わぬ展開を迎えていた。アマゾン狩りをしていた千翼は、アマゾンと戦う謎の少女・イユと運命的な出会いを果たす。しかし、千翼はまだ知らない、彼女はアマゾン化した父親に殺され、アマゾンとして蘇った生体兵器であることを―。

第2次世界大戦中のイタリア。シチリア島の漁村で暮らす12歳の少年レナートは、美しい年上の女性マレーナに魅せられる。彼女は結婚して2週間で戦地に送られた夫の帰りを待ち続け、レナートはそんな彼女の姿を見守っては想いを募らせていた。戦局の移り変わりで島はナチス、次いで米軍の支配下となり、戦争未亡人となったマレーナは自分を庇護してくれる愛人の間を渡り歩く。だがそんな彼女の行動は島の人々の反感を買う。

西暦2015年。人類を襲う謎の兵器「使徒」に対抗するため、汎用人型決戦兵器エヴァンゲリオンを完成させた特務機関ネルフは、14歳の少年少女達をパイロットにエヴァを実戦投入する。しかしその後ろでは同時に「人類補完計画」が進行していた。

高級レストランの二人の客。フォークの汚れをボーイに注意すると、支配人が来て手厚くお詫びをされる。すると料理長が出てきて事態はますます大げさになり…。男たちが並んで訓練を受けている。指揮官は「スイカにしよう」と決心する。すると男たちは「スイカはもうやりました」とうんざりしたように答える。そこで彼は「バナナだ」と言いバナナに襲われた時の対処法を実演する...。

コトブキヤのロボットプラモデル「フレームアームズ」から生まれた美少女プラモデルシリーズを原作に、2017年4～6月に放送されたテレビアニメ「フレームアームズ・ガール」の総集編となる劇場版。全12話のテレビシリーズを、新作カットを交えて振り返る。女子高校生あおのもとに届けられた謎の小包には、「フレームアームズ・ガール」と呼ばれる完全自律型の小型ロボット「轟雷」が入っていた。轟雷は人工自我＝「AS（アーティフィシャル・セルフ）」を搭載した最新型の試作機で、バトルデータを収集し、感情を学んでいく。あおはそんな轟雷とともに、奇妙で楽しい日常を送っていく。