スネ夫が、人気のミステリー列車の切符を3枚手に入れたと自慢する。ジャイアンと静香は、ぜひ連れて行ってほしいとスネ夫に頼み込む。そこへのび太が駆け込むと、お約束通り、スネ夫が「のび太の分はない」と嫌味を告げようとするも、彼はどうでもいいと一蹴。実は、ドラえもんが3日間も帰らないので、その行方を捜していたのだ。結局、その日も当てはなく、すっかり落胆して帰る。 ところが、家に帰ると何事もなかったかのようにドラえもんがいた。どうやら彼の話によると、別の用事で22世紀へ戻った際、長い行列を見て並んでみたら、それは22世紀で大人気の銀河ミステリー列車の切符の販売前で、3日間かかってやっと手に入れたらしい。それを知って大喜びするのび太、二人はさっそくその話題のミステリー列車に乗り込む。それは列車というより宇宙船で、さながら銀河鉄道の夜の世界であった。地球では到底見ることのできない宇宙や惑星の絶景にすっかり感銘を受けたのび太は、お返しとばかりにスネ夫たちを集めて、盛んに自慢した。 そんな話を聞かされては到底黙ってられない3人。ジャイアンも静香も、自分たちも連れて行って欲しいと頼み込む。さらにはスネ夫までもがちゃっかり旅の準備をしていた。こうして、いつものメンバーが揃った所で、銀河超特急の扉が開いた。 そのミステリー列車で到着したのは宇宙の外れにある巨大遊園地「ドリーマーズランド」。ドラえもんたち5人は気の赴くままに楽しむが、一方で謎の生命体「ヤドリ」がハテノハテ星群のある星を根城に、人間支配を企んでいた。

最新遺伝子工学を駆使して太古の恐竜たちをよみがえらせたが、22年前に来訪者の一部が命を落とす悲劇が起きた、コスタリカ沖のイスラ・ヌブラル島。島を所有するインジェン社はマスラニ社に買収され、島はマスラニ社によってテーマパーク“ジュラシック・ワールド”として生まれ変わり、毎日2万人の観光客が押し寄せるほどの名所となった。だが突然、新種の恐竜“インドミナス・レックス”がおりから逃げる事故が起きてしまう。