幕末。東北の小藩である海坂藩の平侍であった片桐宗蔵は、母と妹の志乃、女中のきえと貧しくも平穏な日々を送っていた。やがて母が亡くなり、志乃ときえは嫁入りしていった。ある雪の日、宗蔵ときえは3年ぶりに町で再会するが、きえのやつれた表情に宗蔵は胸を痛める。きえが嫁ぎ先で酷い扱いを受け寝込んでいることを知った彼は自宅へ連れ帰り、回復したきえと共に暮らし始める。そんな時、藩に大事件が起きた。宗蔵と同じく藩の剣術指南役・戸田寛斎の門下生だった狭間弥市郎が謀反を企んだ罪で囚われ、さらに山奥の牢を破って逃げ出したのだ。宗蔵は、逃亡した弥市郎を斬るよう家老に命じられる。
戦国時代、全国統一を目指す信長に対して反乱を起こした村重。だが失敗の末、逃亡。信長は光秀に捜索を命じるが、秀吉は村重を利用して光秀と信長を陥れようと画策する。
0歳でスコットランド女王、16歳でフランス王妃となったメアリー・スチュアートは、未亡人となった18歳にスコットランドへ帰国し王位に戻り、女王エリザベスⅠ世が統治する隣国イングランドの王位継承権を主張する。恋愛、結婚、出産を経験し、若く美しく自信にあふれたメアリーに複雑な想いを抱くエリザベス。誰よりも理解し合えたはずの孤独な若き女王たちは、従姉妹でありながら恐れ合い、それぞれ陰謀渦巻く宮廷の中で運命に翻弄されていくのだった…。
エリザベス1世の統治する16世紀末のロンドン。女王の側近であるセシル卿は、大衆を扇動するとして当時隆盛を誇った演劇に対する弾圧を強めていた。一方、女王の後継問題でセシル卿と対立するオックスフォード伯は、まさにその演劇の力で政敵を失脚させようと考えていた。文才に長けた伯爵は、セシル卿に投獄された気鋭の劇作家ベン・ジョンソンを解放し、自らが記した戯曲をベンの名で上演するよう命じるのだが……。
倉本繭子は、会社の倒産を機に恋人の吉岡恭一にプロポーズされ、恭一の両親の住む京都へ向かう。京都に着いた繭子は、路地裏にある“本能寺ホテル”に導かれ、気が付けば1582年の本能寺にいた。繭子は現代と1582年を行き来しながら、織田信長や森蘭丸と交流を果たす。その日は信長が暗殺された本能寺の変の前日だった。