Roy Neary heeft een "close encounter" met een buitenaards ruimteschip. De Amerikaanse overheid komt er achter dat de aliens op een bepaalde plek zullen landen, en verzinnen een dekmantel-verhaal om het publiek op een afstand te houden.
Queen Poppy en Branch doen een verrassende ontdekking - er zijn andere Troll-werelden dan hun eigen, en hun duidelijke verschillen zorgen voor grote botsingen tussen deze verschillende stammen. Wanneer een mysterieuze dreiging alle trollen over het hele land in gevaar brengt, moeten Poppy, Branch en hun vriendengroep een epische zoektocht beginnen om harmonie te creëren tussen de ruziënde trollen om ze te verenigen tegen een bepaalde ondergang.
Ze zijn een stuk bos aan het kappen als één van hen, Travis Walton, wordt ontvoerd door een UFO. Ze hebben grote moeite de autoriteiten van hun oprechtheid te overtuigen. Pas vijf dagen later wordt Travis weer gevonden; naakt en volledig in de war.
In het afgelegen dorpje Nome in Alaska verdwijnen al sinds de jaren zestig onwaarschijnlijk veel mensen. Een officiële verklaring hiervoor is nooit gevonden, maar bijna iedereen in het dorpje lijkt wel te weten waar het door komt: alle vermiste personen zijn ontvoerd door buitenaardse wezens. Sommige dorpelingen zijn ontvoerd en keerden hierna terug in Nome. Zij luchten hierover uitgebreid hun hart bij psychiater Abbey Tyler (Milla Jovovich).
Sam, de vader van Tony, keert na 3 jaar afwezigheid terug bij zijn gezin. Het blijkt dat hij 3 jaar geleden ontvoerd is door aliens. Zijn vrouw woont samen met Joe en dat bevalt Sam niet. De spanning loopt op als ook nog blijkt dat er iets aan de hand is met Sam.
De inwoners van Ganymede moeten partners uit een andere wereld vinden, anders zullen ze uitsterven. Ze ontdekken al snel een geschikt fokbestand onder de vrouwtjes van planeet Aarde.
Audry Lynch keert terug naar Block Island, waar ze tot de ontdekking komt dat haar vader black-outs en hallucinaties heeft. Na een intense nacht verdwijnt deze spoorloos, waarna Audry en haar broer Harry hun eigen onderzoek beginnen. De twee komen erachter dat hun familie in gevaar is.
Wanneer een atoomoorlog op Mars de vrouwen van de planeet vernietigt, is het aan Martian Princess Marcuzan en haar rechterhand Dr. Nadir om naar de aarde te reizen en vrouwen te ontvoeren voor voortplanting. Ze landen in Puerto Rico en schieten een NASA-ruimtecapsule neer die wordt bemand door een androïde. Nu zijn elektronische hersenen beschadigd zijn, terroriseert de androïde het eiland terwijl de marsmannetjes stranden en zwembadfeesten plunderen
Atoomwetenschapper/piloot Doug Martin wordt vermist nadat zijn vliegtuig neerstort tijdens een verkenningsmissie na een kernproef. Wonderbaarlijk genoeg verschijnt hij later ongedeerd op de basis en krijgt hij natriumamethol, maar de autoriteiten staan sceptisch tegenover zijn verhaal dat hij werd gevangengenomen door buitenaardse wezens die vastbesloten waren de aarde te veroveren met gigantische monsters en insecten. Martin zweert dat hij bestaande technologie zal gebruiken om ze te vernietigen.