ゴジラシリーズ第23作にして、従来のシリーズとの繋がりを断って再度リブートした、「ミレニアムシリーズ」第1作。漁船・第三北海丸を破壊したゴジラが北海道根室市に出現した。ゴジラ予知ネットワークを主宰する篠田雄二は、娘のイオ、雑誌記者である一ノ瀬由紀らと共にゴジラと間近で遭遇し、発電所を破壊するゴジラの姿に「ゴジラは人間の作り出すエネルギーを憎んでいるのではないか」と感じる。時を前後して、鹿島灘沖の日本海溝で強い磁力を帯びた岩塊が発見された。新しいエネルギー資源の可能性を見いだした危機管理情報局の宮坂四郎は、局長の片桐光男に引き上げを進言する。しかし岩塊は、引き上げ作業中に自力で浮上してしまった。

面接のためデトロイトに来た若い女性が深夜に予約した宿泊先に到着すると、手違いなのか既に見知らぬ男が泊まっていた。不本意ながらもそこで夜を過ごすことにするが、予期せぬ客よりも恐ろしいものが待ち受けていた。

最強の巨大殺戮エイリアンの暴走を食い止めるため、1人の異星人がバイキングたちと共に立ち上がる。超迫力のSFアドベンチャー・アクション！

1990年、アメリカ・ミネソタ州。刑事のケナーは、17歳の娘アンジェラから虐待を受けたと告発された、旧友のジョンを取り調べることに。ジョンは記憶が不確かながらも自らの罪を認め、どこか釈然としないケナーは、高名な心理学者のレインズに協力を要請。アンジェラをはじめ、ジョンの家族のことも調べて回るうち、彼らは事件が単なる家庭内暴力の問題ではなく、その裏に恐るべき闇が潜んでいることに気付き、愕然とする。