人間にペットとして飼われているが、TV番組のヒーローに憧れるカメレオン。車で飼い主と移動中に事故に遭い、入っていた水槽ごと砂漠に放り出されてしまう。初めて広い世界に出たカメレオンは途方に暮れるが、寂れた荒野の町“ダートタウン”にさまよい着く。酒場で町の住人たちにランゴと名乗ったカメレオンは、でたらめな武勇伝を語った結果、町の保安官に任命されてしまう。その頃、町は深刻な水不足に見舞われていた。

キュートな外見とは裏腹にエリートスパイとして活躍するペンギンズは秘密の潜入捜査中、かつて動物園で彼らに人気を奪われたことを恨むタコのデーブに誘拐される。デーブが人間の姿をしたオクト博士に姿を変え、世界中のペンギンへの復讐（ふくしゅう）を計画していることを知ったペンギンズは、スパイ軍団「ノース・ウィンド」と手を組み邪悪な陰謀に立ち向かう。

パパとママと暮らす7歳の少年ティムの家に、黒いスーツに黒いネクタイを締めた赤ちゃん「ボス・ベイビー」がやって来た。ティムの弟だというその赤ちゃんは、まるで大人のように話すことができ、口が悪くて人使いも荒い。実は彼には、ある秘密の任務があった。

南極。皇帝ペンギンのマンブルは《ハッピーフィート》の異名を取るタップダンスの達人として知られていたが、彼の幼い息子エリックはダンスが大の苦手。あるとき、とうとう家出したエリックは、アデリーペンギンの集落で空を飛べる不思議なペンギン、スヴェンと出会う。不可能を可能にしたスヴェンに魅了されるエリック。そんな矢先、氷山の衝突によって皇帝ペンギンの国が陥没し、仲間たちが閉じ込められる大事件が発生する。

悲しみに沈むアイルランドの少年キーガンと、スペインから来た少女のモヤ。2人はダンスに興じる魔法のシカたちに勇気をもらい、危険と試練を乗り越えてゆく。