無数のアンノウンが研究施設を攻撃。人々が殺戮されていくなか、超能力を発揮して逃亡する2人の少年少女、レイと沙綾香。その頃、G3ユニットに新しいメンバー・深海理沙が加入することが通告された。果たしてその目的は一体何なのか。激増するアンノウンを前に、突如、封印されていたはずのG-4システムが出現してアンノウンを撃破し始める。しかし、その結果、大いなる危機が…。翔一、誠、涼、真魚たちが出逢った2人の少年少女。アギト・G3-X・ギルスそして新登場のG4。複雑に絡み合うそれぞれの運命の結末は!?

画期的な人工皮膚の研究をしていたペイトン。恋人の弁護士ジュリーが研究所に持ち込んだ書類がきっかけとなり麻薬組織に襲われ研究所諸共爆破され全身を焼かれたまま、爆破の衝撃で吹き飛ばされ行方不明となってしまう。死んだと思われていたペイトンだが身元不明の重傷者として病院に収監されていた。意識を取り戻したペイトンは復讐心に駆られ病院を脱走しかつて研究していた人工皮膚を利用し、誰にでもそっくりに化けることができる事が可能となる。人工皮膚を使い醜い焼けどの化け物に自分をした麻薬組織への復讐を始めるのだった。

巨大コンピュータとの戦いを描くシリーズ第3弾。超高性能コンピュータを開発して世界の富を手に入れようと企む大企業の社長ウェブスターは、天才プログラマーのゴーマンを仲間に引き込み、気象衛星をコントロールすると南米上空に豪雨を降らせコーヒー畑を壊滅させようとする。しかし駆けつけたスーパーマンに作戦を阻止されたウェブスターたちは、彼の弱点であるクリプトナイトの存在を突き止めた。クリプトナイトの影響で、スーパーマンの心に悪が芽生え始めた頃、ウェブスターたちはグランド・キャニオンにスーパー・コンピュータの要塞を作り上げていた……。