Professor Barbenfouillis samler et hold modige astronomer, til en rejse til månen. Fyret afsted i en kanon ankommer rumskibet til den fantastiske fremmede verden, hvor de opdager at der er mere mellem himmel og måne end de nogensinde har drømt om.

Den menneskefjendske trold Shrek bor alene midt i en sump, men en dag bliver han overrendt af eventyrfigurer, der er blevet smidt ud af Lord Farquards rige. Shrek aftaler med Faraquard, at han kan få lov til at være i fred, hvis han befrier herskerens udkårne, der holdes fanget af en drage. Og så drager Shrek af sted med sin følgesvend Æselet.

De nygifte trolde Shrek og Fiona bliver inviteret hjem til Fionas forældre, der er monarker i et land langt væk. Forældrene synes bestemt ikke om, at deres datter er blevet en grøn trold og at hun har giftet sig med Shrek. Derfor beslutter de sig for at skaffe sig af med gommen og sørge for at Fiona får sin tidligere yndige fremtoning tilbage.

Troldmanden og hans lærling Galen er på en opgave for at dræbe en ond drage for at redde Kongens datter fra at blive ofret af Kongen som har lavet denne aftale for at redde Kongedømmet.

Da Shreks frø-svigerfar pludselig går bort, begiver Shrek sig ud på endnu et stormfuldt eventyr med Æsel og Den Bestøvlede Kat for at finde den rette arving til tronne. Alle de elskede figurer er tilbage sammen med den magiske, misforståede Merlin, en kejtet Arthur, et enormt opbud af prinsesser og andre overraskende nytilkomne. Ingen kan som Shrek fortælle et eventyr, hvor alle ler lykkeligt til deres dages ende!