Peter Parker adalah seorang siswa SMA yang dibuang oleh orang tuanya saat masih kecil, dan harus diasuh oleh Paman Ben dan Bibi May. Seperti kebanyakan remaja lainnya, Peter mencoba mencari tahu siapa dirinya dan bagaimana ia menjadi orang seperti sekarang. Saat Peter menemukan tas kerja misterius milik ayahnya, ia memulai pencarian untuk memahami hilangnya orang tuanya – yang membawanya langsung ke Oscorp dan laboratorium Dr. Curt Connors, mantan rekan ayahnya. Saat Spider-Man berhadapan dengan alter ego Connors, The Lizard, Peter akan membuat pilihan yang mengubah hidupnya untuk menggunakan kekuatannya dan membentuk takdirnya untuk menjadi pahlawan.

Cortez bersaudara pergi ke suatu pulau misterius bersama tim agen anak saingan demi menyelamatkan dunia dari seorang ilmuwan serta makhluk-makhluk hasil modifikasinya.