ロシアの首都モスクワに巨大な未確認飛行物体が飛来する。ビルをなぎ倒し、多数の死傷者を出して墜落した物体は、なんと宇宙人の巨大母船だった。宇宙人との初にして突然の遭遇に市民が戸惑う中、政府は戒厳令を敷き、事態の収拾を図る。一方、軍司令官の娘ユリアは、来訪した宇宙人の技術者ヘイコンと親しくなる。宇宙人排斥の機運が高まる中、ユリアはヘイコンらが故郷に戻るため必要な物体“シルク”の探索に協力することになる。

未知の生命体・ガウナに地球を破壊され、かろうじて生き残った人類は 巨大な宇宙船「シドニア」で旅を続けていたが、100年ぶりにガウナが現れた。 再び 滅亡の危機に襲われた人類だったが、人とガウナから生み出された白羽衣つむぎや 人型戦闘兵器・衛人のエースパイロットである谷風長道の活躍により、ガウナをいったん撃退。 なんとか勝利をおさめたのだった。 あれから10年－。 シドニアの人々は、つかの間の平和を楽しんでいた。 つむぎも、今やシドニアの英雄となった長道に想いを寄せながら、 穏やかな日々を過ごしている。 だが、艦長・小林は分っていた。 ガウナがいる限り、この平穏は長く続かないことを。 そして、人類の存亡をかけ、最終決戦を決断する。 愛する人を守るため、シドニア最後の戦いがついに始まった。

かつて仮面ライダーたちと戦ったショッカーが、魔法の力を得た宇宙規模の組織「スペースショッカー」として復活した。スペースショッカーは全宇宙を征服するため、まずは地球に狙いを定める。 一方、地球では操真晴人 / 仮面ライダーウィザードが白銀のコンバットスーツ戦士・十文字撃 / 宇宙刑事ギャバンtype-Gから攻撃を受けていた。戦闘の中でギャバンはウィザードに対する誤解を一応解くが、銀河連邦警察の命令に背いたため、銀河連邦警察隊長の一条寺烈 / 初代宇宙刑事ギャバンから宇宙刑事の資格を剥奪されてしまう。一方、晴人はスペースショッカーと戦うが、スペースショッカーの作った魔法陣に吸い込まれ、スタジアムに吹っ飛ばされてしまう。晴人は突如現れた獣電戦隊キョウリュウジャーのメンバーと出会うが、桐生ダイゴ / キョウリュウレッドは、晴人を敵か味方か確認するため、晴人に勝負を挑む。剣と剣でぶつかり合う晴人とダイゴだったが、乱入した伊狩鎧 / ゴーカイシルバーと出会う。鎧と共に晴人は撃から衝撃の事実を教えられる。どうやら宇宙各地では魔法の力が同時多発的に暴走しており、地球はもちろん宇宙全体も破滅の危機にあると言うのだ。終末のカウントダウンが刻一刻と迫りつつある中、晴人と撃達は事件の解決にあたることとなった。

2052年、ベルリン。移民問題や東西間の紛争で混乱状態にある街のクラブで、物静かな男レオはバーテンダーとして働く。彼は幼い頃に喉に傷を負い、母親が手術を拒否したことで声を失っていた。そんなレオは、同じクラブで働くナディーラと愛し合うようになり、ささやかな幸せを手に入れる。しかしナディーラは、理由も言わずに突然失踪。唯一の生きがいを失ったレオは、わずかな手がかりをもとにナディーラを探すうちに、混沌とした街の裏社会に入り込んでしまう。

短波研究者のジョシュと妻イザベルは、娘を亡くしたショックから生活を立て直そうと人里離れた丘陵地の研究施設に移り住む。イザベルは静かな環境の中で衰弱と悲しみを克服しようとし、ジョシュは仲間のトーマスと研究に没頭するなか数年来研究していた謎の短波無線信号とその起源に関する画期的な発見をする。だが、その信号の中の何かが、イザベルと共鳴し、彼女は幻覚や不思議なビジョンを体験しはじめる。ジョシュとトーマスはイザベルの体調を気遣いながらも、その現象をさらに調査するが、イザベルにはこの信号が何か得体のしれないものをこの家に引き寄せたのではないかと、感じ始め・・・。