日本。伊豆沖を進む賭博船で、襲撃された鉄竜会の組長を救ったのは、若き用心棒・石川五ェ門だった。だが直後に大爆発が起こり船が大破。組長も命を落とす。爆発の原因は斧を武器に使う大男だった。一旦は男を追いつめた五ェ門だったが逃げられてしまう。一方、賭博船から金を奪うことに成功したルパン三世と次元大介、峰不二子は、洋上のボートからその様子を目撃する。“バミューダの亡霊”―大男はそう呼ばれていた。かつて戦場で2,000人を殺戮した兵士でコードネームはホーク。なぜそんな男が日本にいるのか？　公安の銭形警部はホークの足取りを追う。そして、組長の葬儀の場で、裏切り者の汚名を掛けられた五ェ門も、その屈辱を晴らすためホークを追うのだった。その頃、ルパンたちは、伊豆山中のアジトで、札束を前に祝杯を挙げていた。そこに突如ホークが現れる！　ホークの目的はルパン、次元、不二子の処刑であった。アジトを脱出したルパンたちの車とホークのバイクが激しくチェイス。と、いきなり巨木が倒れかかってくる！巨木の上に現れたのは、ホークを仇と追う五ェ門だった。「助太刀無用！」そう言い放つ五ェ門。ホークとの死闘が始まる。だが―‼

広能組・打本会の連合と山守組との広島抗争は、警察による組長クラスの一斉検挙、いわゆる「頂上作戦」によって終息に向かう。打本会は解散し、広能組長・広能昌三は網走刑務所に収監された。一方、山守組側では逮捕されるも未決保釈となった最高幹部・武田明が広島に散在するやくざ組織に大同団結を呼びかけ、市民社会からの厳しい視線をかわすため政治結社「天政会」として統一組織を立ち上げた。しかし天政会は、会長・武田明、理事・江田省一らの主流派と副会長・大友勝利、幹事長・早川英男らの反主流派とに分かれ一枚岩ではなかった。

麻薬王のブラガの逮捕に貢献したドミニクであるが、裁判において懲役25年の判決を言い渡される。だが護送中にブライアンと妹・ミアの手により逃亡に成功し、国際指名手配される。 ブラジルのリオデジャネイロに逃亡したブライアンとミアは昔の仲間のヴィンスと再会。麻薬取締局の押収した車の窃盗の仕事をする事になり、そこにドミニクも合流するが、仲間の裏切りにより襲われてしまう。その理由は、ドミニク達が盗んだ車に隠されたリオデジャネイロで最も強い権力をもつ悪徳実業家、エルナン・レイエスの闇金の流れを記録したマイクロチップにあった。 そんな中、ミアがブライアンの子を身籠もった事を知ったドミニクは、過去を消して家族で静かに暮らすのに必要な資金と資格を得る為に、レイエスの闇金1億ドルを強奪する計画を立てて世界中から過去、様々なヤマで出会った色々な分野の凄腕プロを集める。レイエスと癒着した警察署の金庫という突破困難な場所に隠されている現金を、彼らを執拗に追うホブスの米警官部隊やレイエスの手下の攻撃をかわしつつ、強奪する事が果たして出来るのか。

舞台は1968年（昭和43年）6月、門司港にて旅人の黒田修次は大和田組幹部で友人の楠鉄弥のために敵対する共栄会会長の正木巌を銃殺し、服役する。7年半の刑期を努めた黒田は楠を尋ねるが、そこには薬物中毒で大和田組を破門された、廃人同然の楠の姿があった。

ジョーは組織も認める腕利きのルーパー（処刑人）。仕事は2074年から2044年に送られてくる標的を、指定された時間に指定された場所で待ち、殺して遺体を処分すること。新たな指令が入り、ジョーは約束の場所でいつものように銃を構えて待つが、目の前に現われたのは、自分に酷似した中年の男。驚愕と混乱で引き金を引くことをためらった現在のジョーの隙をつき、未来のジョーは逃走する。

愛妻を5年前に殺された安城伍郎。いまや刑事を辞めた彼は、偽名を使ってひっそりとひとり暮らしをしながら、妻を死に追いやった仇敵を捜し出して復讐しようと、山野辺興業の部下たちを仲間割れさせて相討ちに追いこんだ末、そのボスを自らの手で射殺。その一方で伍郎は、彼の正体を知らない暴力団・吉岡組の組長となぜか意気投合し、奇妙な交友関係を結んでいた。やがて伍郎は、ヤミ資金を操る黒幕の正体をついに突き止める。

1950年（昭和25年）秋、広島県呉市の極道組織・山守組組員の三好万亀夫は、組の命令で対立組織の浅田組長を襲撃する。この事件で三好は懲役11年の刑にて服役。三好の服役の間に山守組は大きく成長するが、組内は組長・山守義雄と若頭・青木尚武とが対立し、幹部組員の難波茂春や坂上元もそれぞれの思惑で行動するようになる。山守と青木は刑務所の三好にそれぞれ面会を求め、互いに相手の中傷をして自陣営へ引き込もうと画策する。

ヤクザから足を洗い、ギター片手にさすらいの旅をする流しが、港町で新興ヤクザと真っ向から対決する娯楽アクション。小林旭のあいつシリーズ第1作。 ギター片手にさすらいの旅を続けている浩介は横浜に流れ着いた。彼は元々巨大な暴力団組織にいたが、親友が組長の手によって残酷な死を遂げたことから足を洗うことにした。今夜もバーでかき鳴らすギターはその亡くなった親友にもらったものだった。そのバーで浩介は熊五郎と知り合う。同じ流しである熊五郎がチンピラに絡まれていたところを浩介が助けたのだ。ひょうきん者の熊五郎だったが、結婚を誓った女性と再会を果たすため一年ぶりにこの街にやって来たのだという。浩介は彼の恋人探しを手伝いつつ、この街に腰を落ち着けることに決めるが、この街の未来も明るくなかった。乱暴な新興ヤクザが大手を振っていたからだ。浩介は自分には関係のないことと腹を決めていたが、とあるバーで一曲流した後、連中に因縁をつけられ袋叩きにあってしまった。それでも自分は関わるまいと手を出さずにいた浩介だったが、数日後、熊五郎がまたもやこてんぱんに殴られているのを目の当たりにし、遂に怒りの鉄拳を振るってしまう。そして元ヤクザである自分の正体が新興ヤクザたちに広まることになり…。

刑務所を出て、故郷浅草へ7年ぶりに帰ってきた花田秀次郎。義兄弟の重吉が代貸をする東雲一家に草鞋を預けるが、渡世の義理から昔世話になった皆川親分を斬ることになり……。シリーズ第6作。