Nuori pari, joka - jouduttuaan eroon toisistaan kuoleman myötä - löytää ikuisen yhteyden ja päättymättömän rakkauden. A Ghost Story sisältää unohtumatonta pohdintaa rakkaudesta ja surusta ja paljastaa hurmioituneen ja epätodellisen - ja täysin ainutlaatuisen - kokemuksen, joka tuntuu vielä pitkään lopputekstien jälkeenkin.
Menestyvä newyorkilaisjuristi Henry Turner tunnetaan tiukkana ammattilaisena, jolle tärkeintä työssään on voittaa jutut, jotka hän on ottanut hoitaakseen, perhe-elämänkin kustannuksella. Sitten yksi ainoa ammuttu luoti muuttaa Henryn elämän. Kun Henry tulee tajuihinsa, hän ei osaa puhua, lukea, tai kirjoittaa eikä kävellä. Hänen on pakko aloittaa kaikki alusta ja oppia karu totuus eräästä täysin vieraasta henkilöstä... hänestä itsestään.
Nuori miljoonaperijä Simon Cable (Ryan Philippe) herää sairaalassa vuonna 2002. Ongelmana on, että hänen viimeinen muistikuvansa on kahden vuoden takaa. Siinä välissä Simon on ilmeisesti mennyt naimisiin, hankkinut rakastajattaren ja menettänyt veljensä Peterin (Robert Sean Leonard) onnettomuudessa. Vaimo Anna (Piper Perabo) sekä rakastajatar Claire (Sarah Polley) vierailevat vuorotellen hämmentämässä Simonin jo valmiiksi umpipihalla notkuvaa päätä. Ikään kuin tämä ei jo riittäisi, alkaa Simon myös mystisesti hyppiä kahdella aikatasolla, pystyen vaikuttamaan molempien tapahtumiin. Taustat ja motiivit aukenevat vähä vähältä niin Simonille kuin katsojallekin.
Yhdeksänvuotias Sam Paretta on kuollut lento-onnettomuudessa. Vaikka tapahtumasta on kulunut yli vuosi pojan äidin, Tellyn, suru ei hellitä. Eräänä päivänä Tellyn aviomies väittää yllättäen, ettei heillä koskaan ole ollutkaan lasta. Myös psykiatri julistaa Tellyn harhaluuloiseksi. Kaikista pahinta on kuitenkin Samin olemassaolosta todistavien asioiden mystinen katoaminen. Muistojensa riivaama Telly alkaa metsästää totuutta, ja vähitellen hänet ympäröi pimeä ja pelottava yliluonnollinen salaliitto...
Lahjakkaan mutta levottoman muusikon Kurt Cobainin viimeiset hetket kuluvat sisäisen kamppailun syövereissä. Lopultakaan ei selviä todellista syytä sille, miksi mies lopulta tappoi itsensä. Sen sijaan ratkaisuksi ehdotetaan jotain muuta.