La pel·lícula consta de nou trames paral·leles que tenen lloc a la Vall de San Fernando, a Los Angeles: un nen prodigi, el presentador d'un concurs de televisió, un exnen prodigi, un moribund, el seu fill perdut, la dona i el infermer del moribund. Són històries aparentment independents, però que guarden entre si una relació estranya. Magnolia és el retrat de la vida americana vist a través d'una sèrie de vinyetes còmiques i commovedores.

A Lansquenet, un poble francès molt tradicional, on res no ha canviat en els últims cent anys, el Vent del Nord comporta dues forasteres: Vianne Rocher i la seva filla Anouk. Vianne inaugura una xocolateria plena de dolços capaços de despertar les ocultes apetits dels habitants del poble. Té, a més, un do especial que li permet percebre els desitjos dels altres i satisfer-los amb el dolç exacte.