影片改编自冒险家贝纳·金斯伯格同名畅销冒险小说，讲述他及其两位伙伴深入亚马逊丛林寻找失落黄金，险象环生的三周真实求生之旅。
在第二集中，《里约大冒险》主角们在续集全部回归，这一集中布鲁和珠儿有了三个可爱的宝宝，在里约过着完美的家庭生活，但珠儿决定孩子们应该要回到丛林，学习如何去过身为一只鸟应有的生活，坚持全家进入亚马逊丛林，展开一场更欢乐、更刺激、更多音乐及乐趣的狂欢冒险。
英国探险家珀西·福斯特（查理·汉纳姆 Charlie Hunnam 饰）深入神秘的南美洲亚马逊丛林探险，竟发现未知的文明生活迹象，他回到英国公开这个意义深远的重大发现，却被当成笑话嘲弄，没有人愿意相信他的话。在爱妻尼娜（西耶娜·米勒 Sienna Miller 饰）无怨无悔的支持下，福斯特决心带领儿子杰克（汤姆·霍兰德 Tom Holland 饰）重返亚马逊丛林，寻找古文明存在的证据，一行人却离奇消失，从此再无任何音讯，成为史上最神秘又悬疑的失踪事件。
来自太阳王国的使者小狐狸克莱，和来自月亮王国的使者小熊布诺，为了寻找传说中的精灵力量，在充满传说的古老森林狭路相逢。森林外的世界已经被好战的巨人占据，古老森林也被巨人继续侵蚀，上古的精灵是拯救世界的唯一希望。两个小使者从彼此戒备到互相帮助，在美丽奇幻的森林里历险，寻找着精灵的线索。当他们从巨鸟那里得到了最重要的线索时，巨人正要毁掉这片最后的森林。克莱和布诺突然明白了精灵的力量在哪里。
就读于纽约某大学的贾丝廷（萝兰萨·伊佐 Lorenza Izzo 饰）是一名联合国官员的女儿。她受邀加入了由亚历杭德罗（艾瑞尔·利维 Ariel Levy 饰）领军的环保示威组织ACT。秘鲁亚马逊丛林的某个小村落发现了丰富的天然气资源，而大型公司图谋砍伐丛林、驱逐村民，甚至不惜用到屠杀的手段。环保组织来到秘鲁抗议这种不人道的暴行。谁知途中飞机出现故障坠毁，幸存者才发现美丽的绿色丛林中隐藏着致命的杀机。
一位大型动物禁猎区的管理人Frank Walsh，他押运一艘载满了来自亚马逊、奇异又致命的大型动物的希腊运输船，其中包括一只极其罕见的白色美洲虎。不过致命的动物并不是船上最令人恐惧的生物，一支计划将一位政治暗杀杀手Richard Loffler偷渡去美国的小队也在船上。Loffler随后甩掉看管他的美国警官并放出了牢笼里的猛兽，使整艘船陷入极大的惶恐于混乱之中。Frank必须找出既不伤害动物也能保全船员安稳无恙的方法，同时还要提防疯狂的杀手。
美丽动人、天真无邪的女孩安妮，一直向往探险和旅行生活。但很快她发现自己卷入了一位美国旅行家和另一位富翁出版商之间的爱情三角恋之中。他们三人之间会发生怎样的故事？结果又如何呢？
亚马逊地区的年轻妇女被一群魔鬼崇拜者绑架，打算把她们当作性奴隶出售。一些妇女逃往丛林，但被还是被追赶。妇女们必须团结起来对付绑架者...