一个女孩在亚马逊坎达莫州最深的丛林中出生并长大。她生活在一个未知的文明之中，它坐落在亚马逊最强大的母亲之魂龟乌龟汽车旅馆附近。有一天，她发现自己的家园正在受到威胁，并且意识到除了她的人民以外，世界上还有其他人类。当她为拯救自己的天堂而战，反对对儿童的贪婪和剥削，伐木和非法采矿，她开始努力扭转这种破坏并迫近亚库鲁纳（Yacuruna）（居住在亚马逊河中的黑暗）的邪恶。在树林上方，Ainbo呼唤Motelo Mama。亚马逊的精神来自瀑布。精神告诉她，只有爱因波才能拯救村庄。此后，在动物精神的瓦卡（Vaca）和狄洛（Dillo）的指导下，她为保护自己的土地和保护人民而为时已晚。

十六世纪的时候，西班牙派出一支由农民、绅士、破产贵族和雇佣士兵组成的队伍，从安达羊西亚、埃斯特雷马杜拉、卡斯蒂利亚高原出发，带着上帝的恩惠、教皇的岩祝福和国王的使命，征服一片遥远而神秘的大陆----美洲。这群人被贪欲驱使，衣锦归乡的梦想激发了这些隐秘的欲望。士兵们铤而走险，他们扬起风帆，沿亚马逊河顺流而下，要去寻找那黄金国。途中，远征的队伍先是遭到印第安人的毒箭的射杀，然著后受到疾病的威胁，他们克服了重重艰难险阻。后来，远征的队伍转入了自己的权力之争。最后的征服者是洛佩·德·阿基雷，他活到了最后，但是他已经成了—个完全的疯子，一个孤独无依和受到上帝审判的人。

在经历了一连串的悲惨遭遇后，艾博（安东尼•博金斯 Anthony Perkins 饰）决定躲进森林里，却没想到落入了住在森林中的原始人的手中。莉玛（奥黛丽•赫本 Audrey Hepburn 饰）以及她的爷爷和原始部落的关系十分恶劣，长老利用艾博的无知和语言不通要求艾博出掉这两个手无寸铁的人。 一场意外中，艾博被毒蛇咬伤，所幸遇见了莉玛，才救回了一条性命，二艾博怎么也不愿意相信，眼前孱弱了美人和老态龙钟的老人就是他要杀的对象。艾博无法下手，放走了莉玛和爷爷，自己则踏上了逃亡之路。莉玛意外的得知了自己真正的身世，她的母亲其实就是给爷爷所在的部族给杀死的，莉玛无法原谅爷爷的所作所为，选择了回到自己本来的部族。

国际级艳星艾曼妞连同一班模特参与美洲之旅巡回演出。风采艳阳的佳丽吸引美洲毒枭的注意，派人将她们一行人拐带到亚马逊森林，劫去珠宝。并把一班模特送到奴隶人肉市场出售。在绝境中，得到保险经济和新结朋友的相救，最终脱离苦海，恢复自由……

《亚马逊探秘》再现了十九世纪中叶的探险家亨利贝茨在亚马逊热带雨林长达 11 年的冒险旅程，以极具视觉震撼力的影像给观众展示了由贝茨发现的生物拟态，即一种生物模拟另一种生物或环境，从而获得优势的生物学现象。

兩名電影工作者隨著一支探險隊，來到亞馬遜森林進行科學研究。當他們抵達現場，卻發現叢林被破壞殆盡，原以為是無良伐木公司恣意破壞生態，於是他們在當地領隊的帶領下，決定深入無人之處。進入叢林的第一天，領隊莫名落荒而逃，留下對叢林一無所知的科學家及劇組。科學家們志在發現叢林裡不為人知的新生物，沒想到當他們的願望成真，這個世人前所未見的新生物成為掠食者，科學家則是牠的獵物，弱肉強食，整座叢林都是牠的獵場