帝国暦488年（宇宙暦797年）、ラインハルトは門閥貴族連合との内戦に勝利し、名実ともに銀河帝国の最高権力者となる。しかし、自らの半身ともいうべきキルヒアイスを喪った哀しみは、彼の心に暗い影を落としたままであった。時を同じくして、自由惑星同盟では、救国軍事会議によるクーデターを鎮圧したヤン・ウェンリーが、名将としての声望をますます高めていた。しかし、権力に固執する同盟政府の政治家たちは、ヤンへの警戒心を強めていく。 翌年、銀河帝国軍はイゼルローン要塞の奪還作戦を開始した。過去も現在も難攻不落を誇る軍事拠点に対し、ケンプ提督率いる帝国軍は驚くべき攻略法をもって攻めかかる。それは、これまでの歴史にない戦闘の始まりとなるのであった。

日本のはるか南にある離島の那歩島(なぶとう)に、デクこと緑谷出久をはじめとする雄英高校ヒーロー科1年A組の面々が到着する。その目的は、伝説的ヒーローであるオールマイトの後継者育成プロジェクトの一環として、島民の生活を助ける期間限定の校外ヒーロー活動をすることだった。しばらく大きな事件が起きていない島で、彼らは忙しく動き回りながらもどこかゆったりと過ごしていた。だがある日、敵(ヴィラン)たちが前触れもなく那歩島に現れる。

幻夢コーポレーションにDr.パックマンを名乗る覆面を被った人物が率いる4人の白衣の一団が襲撃し、檀黎斗 / 仮面ライダーゲンムから、ガシャコンバグヴァイザーと4つのプロトガシャットを強奪する。 そしてその集団は警官隊を全滅させ逃走した。 眼魔との死闘を乗り越えて完全に生き返ることが出来た天空寺タケル / 仮面ライダーゴーストは平和な日々を過ごしていたが、突然街に正体不明のゲームウイルス（パックマンウイルス）が出現し、人々を襲う。タケルは月村アカリや山ノ内御成と共に「不可思議現象」の発生を受け、出動する。 そんな中、同じく仮野明日那 / ポッピーピポパポと共にパックマンウイルスの事件を探っていた宝生永夢 / 仮面ライダーエグゼイドとタケルは再会を果たすが、パックマンウイルスに感染した影響でタケルはゴーストドライバーを失う。また、高校生にして大人気ゲーム『ハテサテパズル』を開発した清宮東吾も、パックマンウイルスに感染する。

抜群の美貌とプロポーション、明晰な頭脳、そして巧みな話術や優れた身体能力で狙ったターゲットを手に入れてきた峰不二子。父親が横領した5億ドルの鍵を握る少年ジーンとともに逃走する不二子は、ジーンの父ランディの命を奪った殺し屋で、呪いの力によって人心を操るビンカムに追跡される。ランディが横領した大金を狙うルパン三世と次元大介の助けもあり、一度はビンカムの魔の手から不二子だったが.

世界大戦後、国家や情報網が破壊し尽くされ廃墟となったニューヨーク。 元・SWATのデュナンと、彼女の恋人で全身サイボーグのブリアレオスは不本意ながらギャングから依頼された仕事をこなして日々の糧を得ていた。 街を出たいと思いながらも叶えられない日々が続く中、自動兵器に襲われている男女を助けたデュナンとブリアレオス。 アイリスとオルソンと名乗るこの二人との出会いはやがて、人類の希望を守るための戦いへと二人の運命を導いていく。

ひょんな事から岐阜から東京の江戸川へ行った猫のルドルフは、教養のある猫イッパイアッテナに出会い意気投合する。イッパイアッテナはルドルフを岐阜に帰らせる方法を模索しつつ、ルドルフに字の読み書きを教える。ルドルフは飼い猫ブッチーに出会い、岐阜へ帰る方法を発見するが、岐阜へ出発する前日にブルドッグのデビルと喧嘩してイッパイアッテナが重傷を負う。

遥かな未来、世界にはグロマン人とククリット人という2つの人種があり、ククリット人はグロマン人の支配下に置かれていた。タチ家の養子として育てられてきた少女エミヤ・タチは、総督ピラールを倒しグロマン人による屈辱的な支配をしりぞけるため、ジンバの元で剣の腕を磨く。 タイムパトロールのタンバラ・ガイは、核爆発のショックで日本の九十九里浜とアメリカのダラスが1万年後の世界に飛ばされてしまった事件を調査するためこの時代を訪れ、それらの街がそれぞれククリットとグロマンのおこりであることを突き止める。一方、ガイの後を追ってこの世界にやって来たガイの弟・胆原分烈は「悪魔」と出会い、彼女が人間同士を戦わせるために2つの都市をこの時代に持ってきたのだと聞かされる。

1996年のオリンピックで驚異的な新記録が次々に打ち立てられ、世界は「超人類の出現！」と囃し立てる。さらに「超人類」たちの活躍は芸術や科学の分野にもおよび、世界は「超人類」たちのおかげで飛躍的な進歩を遂げようとしてた。しかし同じ時、ブラック・ジャックは90才の老人のように使い古された内臓を持つ少女の死に立ち会い、愕然となる。超人類たちとこの少女との間に隠されていた陰謀の魔の手が、真相を突き止めようとするブラック・ジャックに伸びる…。

ミニメリー2号で食料買出し中に仲間とはぐれて漂流中のルフィは、三日月のギャリーの海賊団を軽く倒して、ある町にたどり着き、町を宝物だというシルクと出会った。復活したギャリーはルフィに返り討ちにあうが、ルフィが町人の勘違いで捕まった際に町を脅し、シルクの抵抗も空しくルフィが海に落ちた間に金品を強奪し、町を砲撃して火の海にしてしまう。怒りのルフィは合流した仲間とともに大暴れして、ギャリーの海賊船を沈めるのであった。

ある夜、金色の魔法使いにコヨミが誘拐された。コヨミを追ってきた操真晴人の前で金色の魔法使いはコヨミの魔力と自分のクリエイトウィザードリングの魔力を利用し、虹色に輝く光の竜巻を発生させる。その竜巻に巻き込まれた晴人は何とかコヨミの手を掴んだものの、意識を失ってしまう。 そして夜が明け、目覚めた2人が目にしたのは、一見すると普段通りの風景であるものの、周りの人々はみな魔法を使って暮らしている光景であった。世界は虹色の竜巻によって魔法使いの国に変えられてしまっており、全ての住人は魔法使いとして、ホウキで空を飛んだり、使い魔をペットとして扱うことがごく当たり前の日常を送っていた。さらにお金の代わりに魔力で売買を行う魔力流通システムが、この世界における社会の根幹をなしていた。そんな不思議な世界で晴人とコヨミは協力者である奈良瞬平と大門凛子、さらには仁藤攻介と出会うが、この世界に元々いた住人となっていた彼らは2人のことも全く知らぬ素振りを見せており、輪島繁の面影堂も魔法の指輪を扱うショップに様変わりしていた。 その面影堂では、かつて虹色の竜巻で母親と離れ離れになったシイナという少年が働いていた。母親を捜して街をさまよっていたある夜、シイナは偶然にも「金色の魔法使い」が虹色の竜巻を使って人々を攫う姿を目撃し、金色の魔法使いの正体が国を治めるマヤ大王ではないかと推測する。シイナの言葉を信じる晴人は仁藤と共にマヤ大王のいるエメラルド城に潜入し、魔力流通システムの秘密とそれを利用したマヤ大王の恐るべき計画を知る。しかし秘密を知った晴人はマヤ大王によって、異世界からの侵略者として指名手配されてしまう。

映画『スーパーヒーロー大戦GP 仮面ライダー3号』からつながる、ショッカーによって仮面ライダーの歴史が大きく歪んでしまった世界。歴史を正すために、仮面ライダードライブ、ファイズ、ゼロノスらがショッカーに挑む! 歪んだ歴史の中で、新たに誕生した仮面ライダー4号は、仮面ライダー史上初めて専用の飛行機「スカイサイクロン」と共に降臨! その独特の風貌で、これまでの仮面ライダーに比べても異質な輝きを放つ仮面ライダー4号は味方か? それとも敵なのか? 歪んだ歴史を正すことができるのか? 映画では語られていない新たな歴史の1ページが生まれようとしている!!

原子物理学者の沖田は、四国の山奥でウラニュウムの数百倍の威力をもつサタンニュウムを発見したが、ドクトルGに誘拐され基地に連れ去られる。サタンニュウムの威力に野望実現へと期待を膨らませるドクトルG。間一髪、志郎と藤兵衛は沖田を救出するが、妹ひろ子にサタンニウムの隠し場所の地図を渡してあると云い残して息を引き取る。新怪人タイホウバッファローらに苦戦するV3。そこに馳けつけたのは、あの1号、2号の仮面ライダーだった!ついに来た!全面戦争のとき。ゆけ!戦え!三人の仮面ライダー!