En Kaoru Tono i l'Anzu Hanashiro són dos companys de classe que tenen un buit a dins seu i que alberguen un desig. En Kaoru té una personalitat esquiva i un passat traumàtic, mentre que l'Anzu lluita per conciliar la seva imatge. Tots dos s'ajunten per investigar el Túnel d'Urashima, un lloc que les llegendes urbanes diuen que hi pots aconseguir qualsevol cosa, però no sense pagar un preu.

Consisteix en dues seccions: Death, que és una recapitulació de la sèrie de manera desordenada que gira entorn d'un concert de cordes amb en Shinji, l'Asuka, en Kaworu i la Rei on es van mostrant escenes de la sèrie relatives a cada personatge, i Rebirth, una animació totalment nova que substitueix els capítols 25 i 26 i que conforma la primera part del nou final de la sèrie.

L'ancià senyor Takazawa ha estat reclutat, sense saber-ho, pel Ministeri de Sanitat per prendre part en un experiment que revolucionarà l'atenció als ancians. No més residències, no més infermeres a casa… El Z-001 s'encarregarà de tot. El prototip, un llit mecànic equipat amb l'últim supercomputador del govern, està connectat directament al cervell del senyor Takazawa i dissenyat per proporcionar-li qualsevol cosa que necessiti. Tothom sembla pensar que és una gran idea, excepte Haruko, la jove infermera que atenia a l'ancià…