「アマゾンプロジェクト」の責任者・水澤令華のもとに2年前から養子として引き取られた一人の青年・水澤悠がいた。彼も自らの変調に気付きつつあった。そしてアマゾンを狩るアマゾン、鷹山仁も独自に行動を開始していた。その男の目的は依然謎のままである…様々な思惑が錯綜する中、悠と仁の出会いによって物語は大きく動き出すのであった。

あれから5年…。トラロック事件によりアマゾン大量流出事件は終息したかに見えたが、事態は思わぬ展開を迎えていた。アマゾン狩りをしていた千翼は、アマゾンと戦う謎の少女・イユと運命的な出会いを果たす。しかし、千翼はまだ知らない、彼女はアマゾン化した父親に殺され、アマゾンとして蘇った生体兵器であることを―。

仕えるべき主をもたぬ「はぐれ忍び」牙神獣兵衛は、望月藩お抱えの甲賀組忍びでくノ一の陽炎を偶然助ける。彼女は、下田村に広まった疫病の原因を解明するために仲間たちと一緒に潜入したところを、謎の忍び軍団・鬼門八人衆に襲われたのだ。仲間はすべて殺され、生き残ったのは彼女のみ。陽炎を助けたために、鬼門八人衆に狙われることになった獣兵衛は、その最中、公儀隠密・濁庵の罠にはめられ、敵の陰謀を探る羽目になる。その中で獣兵衛は、みずからがはぐれ忍びとなった過去の因縁と向き合っていく。

少年時代からいつも一緒にいる一卵性双生児の兄弟、エリオットとビヴァリー。容姿はうり二つだが、性格は兄エリオットが社交的で野心家、弟ビヴァリーが内気な努力家と正反対。兄弟はトロントで婦人科医の医院を営むが、ビヴァリーは診察した女優クレアの子宮が3つに分かれていたので驚く。やがてクレアはエリオットと肉体関係を持つが、クレアはエリオットに双子の弟がいることを知らない。こうして異様な三角関係が生まれる。

家族と共にエルム街に越してきた高校生のジェシーは、それを機にスクールバスの運転手が鉤爪の男に変身する悪夢を見るように。そんなおり、彼は家のなかで前の住人ナンシーの日記を見つける。そこには悪夢のなかに現れる殺人鬼フレディのことが記されていた。