1988年、アメリカ・マサチューセッツ州ミドルセックス。ある晩、高校生ドニー・ダーコの前に銀色のウサギが現われる。ドニーはウサギに導かれるようにフラフラと家を出ていく。そして、ウサギから世界の終わりを告げられた。あと28日6時間42分12秒。翌朝、ドニーはゴルフ場で目を覚ます。腕には「28.06.42.12」の文字。帰宅してみるとそこには、ジェット機のエンジンが落下していてドニーの部屋を直撃していた。何がなんだか分からないながら九死に一生を得たドニー。その日から彼の周囲では、不可解な出来事が次々と起こり始めた。

2035年、人類は謎のウイルスによって99％を失い、絶滅寸前に陥っていた。その原因を探るべく、受刑者のジェームズがタイムトラベルの実験台にされ、過去の世界へと送られる。手掛かりとなるのは“12モンキーズ”という謎めいた言葉だけ。まずウイルスが発生する6年前、1990年にたどり着いたジェームズだが、警察に逮捕され、心の病を治す施設に送られてしまう。彼はそこで、ジェフリーという男に出会う。

メキシコでの任務の帰路、マイアミに立ち寄ったイギリス秘密情報部員ジェームズ・ボンドは、かつてのカジノ・ロワイヤルでの勝負の際同席したデュポンと再会し、彼の頼みでオーリック・ゴールドフィンガーのカードのいかさまを暴いた。ロンドンへ戻ったボンドは、ゴールドフィンガーがスメルシュの手先となって金の密輸を行っているらしいことを聞かされ、その調査を命じられた。調査中、ボンドはゴールドフィンガーに捕らわれ、彼がアメリカ合衆国のフォート・ノックスを襲撃して合衆国金塊保管所に貯蔵された金塊を奪取し、ソ連の巡洋艦に積み込んで海外に運び去ろうとしていることを知る。

カリフォルニア州ミラマー海軍航空基地。そこにF－14トムキャットを操る世界最高のパイロットたちを養成する訓練学校、通称“トップガン”がある。若きパイロットのマーヴェリックもパートナーのグースとともにこのトップガン入りを果たし、自信と野望を膨らませる。日々繰り返される厳しい訓練も、マーヴェリックはグースとの絶妙なコンビネーションで次々と課題をクリアしていく。しかしライバルのアイスマンは、彼の型破りな操縦を無謀と指摘する。その一方で、マーヴェリックは新任の女性教官チャーリーに心奪われていく。

幼なじみの親友、レイフとダニー。米陸軍の航空隊に入った2人は隊でも一、二を争う実力派パイロットに育つ。レイフは美しい看護師イヴリンと出会って恋に落ちるが、欧州の戦場へひとり旅立つ。その一方、ダニーとイヴリンはハワイに転属。レイフが戦死したとの知らせにイヴリンは落ち込むが、ダニーと恋することで立ち直る。だが実はレイフが生きていたと判明し、3人の間には気まずい空気が。そこへ日本軍が真珠湾を奇襲する。

貨物港でクレーンのオペレーターを勤めるレイ・フェリエは離婚して一人暮らししていた。離婚した妻がボストンの実家を訪ねる間、妻が引き取った子供、ロビーとレイチェルを預かったが彼らと打ち解けられずにいた。ある日の朝、稲妻が数十回も町の同じ場所に落ちると町中が停電し不気味な雲に覆われる中、レイは野次馬たちとともに落雷場所を見にいくと地中から巨大な機械が出現しレーザー光線で次々に人々を殺害し町を破壊してゆく。

00メンバーらによるジブラルタルでのNATOの演習訓練中、「スパイに死を」との標札とともに、004が殺害された。訓練に参加していた007ことボンドは暗殺者を追跡。死闘の末に暗殺者を倒す。 その後、ボンドはソ連が支配する東側のチェコスロバキアにいた。ソ連の重要人物コスコフ将軍から、ボンドを名指ししての亡命の協力依頼が英国情報部に入りその任務のために現地へ潜入していた。先に潜入していた同僚のソーンダースとともに、クラシック演奏会場から脱出したコスコフを援護する。

親友であるCIAのフェリックス・ライターの結婚式に向かう途中、「サンチェスが現れた」とDEA（麻薬取締局）の連絡を受け、ボンドとライターは現場に向かう。サンチェスはDEAが長年追っている麻薬王だったが、自身の人脈で固めた地元を離れてアメリカ領内に姿を見せたということは、二度とない捕獲のチャンスだった。 ボンドとライターは、サンチェスが逃走に使ったセスナをヘリコプターで釣り上げ捕らえ、スカイダイビングで花嫁デラが待つ教会に降り立った。 しかし、サンチェスは買収した捜査官キリファーの手助けで護送車から逃亡。新婚初夜のライター夫妻を襲い、デラを殺した上ライターを拉致してサメに足を食べさせてしまった。 帰国しようとしていたボンドは、空港でサンチェスの逃亡を知りライター宅に急いだが、そこで無残なライター夫妻の姿を発見する。ボンドは報復を誓うが、任務を逸脱した行為に対してMが自ら訪米、別件の任務を指示する。ボンドは辞職を示し、その場から逃走。単身、サンチェスの元へ乗り込む。

高度5000メートルで発生した衝突事故で、空中へ放り出された乗客たち。森の中で目覚めたヒロインは新婚の夫を探し始めるが、森の危険度はMAXで……。衝撃実話を題材にした、ロシア発サバイバル・アクション。