突如、ワシントンに飛来した円盤。降り立った異星人クラトゥは地球人の未来を懸念し、人類に核兵器の放棄を要求する。そして要求が受け入れられない場合、地球上の全エネルギーを停止させると宣言した……。

ある日、ラコーム率いる調査団がメキシコの砂漠で第二次大戦時の戦闘機を発見する。それは、消失当時と変わらぬ姿で残っていた。一方アメリカのインディアナ州では、町一帯の停電を調べていた電気技師ロイがUFOのような光を発見。以来、彼はこの不思議な光にすっかり魅了され、その正体を探っていく。やがて、光が行き着く先はワイオミング州のデビルズ・タワーという山だと判明するのだが…。

原潜USSモンタナは深海で何かに当たって座礁し、連絡が途絶える。海軍大尉コフィは捜索のため、海底油田基地ディープコアに、同基地の設計者であるリンジーとともに乗り込む。基地ではリンジーの夫バッドも働いていたが、夫妻の仲は冷え切っていた。見つかった原潜に生存者はいないが、リンジーはそこで奇妙な生命体を目撃。やがて嵐のせいで海上の基地とディープコアを結ぶケーブルが切れ、同基地の面々の生命に危機が迫る。

Xファイル課の閉鎖後、現場任務にまわされたFBI捜査官のモルダーとスカリーは、ビル爆破事件の責任を問われ、左遷の危機にさらされる。スカリーが辞職の決意を固めたと知って、やけ酒をあおるモルダー。そんな彼に、父の友人と名乗る医師が接近。爆破されたビルに、謎の死を遂げた少年と救助隊員の死体があったことを告げる。これをきっかけに事件の調査を始めたモルダーは、おそるべきエイリアン・ウィルスと、その背後にある秘密機関の正体に近づいていく。

7月2日。何の前触れも無く世界中の上空に姿を現した直径24キロに及ぶ巨大UFO。混乱の中、元戦闘機のパイロットであるアメリカ大統領ホイットモア率いるアメリカ・サイドは、交流を求めるためUFOとの交信を試みる。が、UFOからの容赦ない攻撃が開始され…