Et t-virusudbrud i San Francisco fører til Alcatraz-øen, hvor et nyt onde har taget ophold.

I denne direkte-til-video efterfølger til Pokémon: The First Movie, Ash, Misty og Brock fortsætte udforske Johto regionen, så har for at redde Pikachu efter Jessie og James fra Team Rocket ...

Ash, Pikachu og hans venner forsøge og stoppe et par tyve gemmer sig ud i kanalerne og gyder i Alto Mare, det gamle vand kapital. Vær med i eventyret er to nye legendariske Pokémon , et søskendepar opkaldt Latias og Latios , der tjener som fredsbevarere og beskyttere af Soul Dew - en uvurderlig skat med en mystisk magt.

Satoshi og hans venner rejser til LaRousse, hvor de møder en dreng ved navn Tooi der er bange for Pokemon på grund af en hændelse, der skete fire år tidligere. I mellemtiden, Deoxys, en Pokémon fra rummet, er opstået, sætte en barriere rundt i byen og kidnapning mennesker. Rayquaza, en Pokémon, der lever i atmosfæren, kommer til at bekæmpe den.

I Terry Gilliam fantastiske rejse gennem tid og rum, deltager en drenge i et rumfærd med en flok tidsrejsende dværge. På deres rejse besøger de Napoleon (Ian Holm), Robin Hood (John Cleese) og kong Agamemnon (Sean Connery). Det er et hektisk eventyr, en revisionistisk historietime og en satire på teknologi der går galt - alle pakket ind i et eventyr.