1941年、ナチスに侵攻されたセルビア。パルチザンのマルコ（ミキ・マノイロヴィッチ）は地下室に弟のイヴァン（スラヴコ・スティマチ）や仲間のクロ（ラザル・リストフスキー）らをかくまい、武器を製造させることにする。英雄となったマルコは地下生活を続ける仲間たちには第2次世界大戦が続いていると思い込ませる一方、新政府の重要人物としてのし上がっていくが……。

物語は、広島県広島市舟入本町（現在の広島市中区舟入本町）に住む国民学校2年生の主人公・中岡元（なかおか げん “以下、ゲン”）が、当時日本と交戦していたアメリカ軍により1945年8月6日に投下された原爆で、父・大吉（だいきち）、姉・英子（えいこ）、弟・進次（しんじ）の3人を亡くしながらも、たくましく生きる姿を描く。

1942年、日本統治下にあるジャワ島レバクセンバタの日本軍俘虜収容所で朝鮮人軍属カネモトがオランダの男性兵デ・ヨンを犯す。日本語を解する俘虜（捕虜）の英国陸軍中佐ジョン・ロレンスは、ともに事件処理にあたった粗暴な軍曹ハラと奇妙な友情で結ばれていく。 一方、ハラの上司で所長の陸軍大尉ヨノイは、日本軍の背後に空挺降下し輸送隊を襲撃した末に俘虜となった陸軍少佐ジャック・セリアズを預かることになり、その反抗的な態度に悩まされながらも彼に魅せられてゆく。 同時にカネモトとデ・ヨンの事件処理と俘虜たちの情報を巡り、プライドに拘る空軍大佐の俘虜長ヒックスリーと衝突する。東洋と西洋の宗教観、道徳観、組織論が違う中、各人に運命から届けられたクリスマスの贈りものが待っていた。