宇宙艦隊士官である父親を幼いころに亡くしたカークは、自由な心を持つ行動的な青年に成長するが、父の遺志を継ごうと宇宙艦隊アカデミーに入学。やがてバルカン星からの緊急救助要請を受け、宇宙艦隊のUSSエンタープライズが出発することになり、カークや親友マッコイらアカデミーの若者たちも乗り込むことに。バルカン星を襲ったのは好戦的なロミュラン人だった。カークはサブリーダーのスポックと対立するようになるが……。

海軍の水兵とその家族を乗せたフェリーが、突然大爆発を起こした。現場を捜査した結果、爆発がテロだったことが判明。さらに、爆発現場の近くで発見された女性の死体が、殺人によるものだということも判明した。その死体の女性・クレアに奇妙なデジャヴを感じたATF捜査官の主人公。ある捜査スタッフ達と共に4日と6時間前の映像を見られる監視モニターを見せられる。

8年前、森の中で行方不明になっていた少年が、当時の姿のまま帰ってきた。その頃NASAでは、奇怪なUFOの調査を行っていたが、少年の失踪にはUFOが関係していた事が判明する......。

アメリカのとある郊外の街。自宅のガレージでオフタイムを利用して研究開発に励むエンジニアのアーロンとその友人エイブ。ある時エイブが超伝導を利用した画期的なアイデアを思いつき、その装置の開発に乗り出した2人は、思いがけず小さな箱の中に時空の歪みを生じるワームホールを作りだしてしまう。そこで、箱を人が入れるほどの大きさにしてタイムトラベルをすることにした2人。そして過去に戻って株で大もうけするのだが、タイムトラベルのタブーである分身との遭遇が、2人の運命を大きく変えてゆく。

ニューヨーク。正義のカメたち、“タートルズ”の友人であるTVリポーターのエイプリルは、ある骨董品店で買った日本の笏（しゃく）の不思議な力で1603年の日本にタイムスリップし、そこで魔女と見なされて投獄されてしまう。直後、現代のニューヨークに現われた侍・謙信からそんな非常事態を知らされた“タートルズ”はエイプリルを救うべく、時空を越えて1603年の日本に飛んで彼女を捜すが、混乱に巻き込まれてしまう。