L'Scooby-Doo i tota la colla emprenen un aterridor creuer cap a un dels llocs més misteriosos del món: el llegendari Triangle de les Bermudes. A alta mar, hauran de fer front a aparicions alienígenes i a espantosos pirates fantasmes que els encanta enfonsar creuers a canonades. Però les coses empitjoren encara més quan els pirates segresten els pares d'en Fred. Si l'Scooby-Doo, en Shaggy i companyia no poden resoldre aquest misteri marítim, els llançaran al mar i es convertiran en les següents víctimes del maleït Triangle. Atenció, navegants: pirates a la vista!
A l'antiguitat, es creia que hi havia set pergamins sagrats que atorgaven poder i prosperitat als qui els posseïen. La profecia deia que un nadó de sang reial pura, algun dia aprofitaria el poder i governaria les nacions. Mentre els homes lluitaven pels pergamins, un rei els va obtenir i els lliurà al Consell cristià perquè els guardés. Quan es va estendre la notícia, els senyors de la guerra el van assassinar a sang freda i la seva filla, com els pergamins, es van haver d’amagar esperant el dia que es compliria la profecia.