原潜USSモンタナは深海で何かに当たって座礁し、連絡が途絶える。海軍大尉コフィは捜索のため、海底油田基地ディープコアに、同基地の設計者であるリンジーとともに乗り込む。基地ではリンジーの夫バッドも働いていたが、夫妻の仲は冷え切っていた。見つかった原潜に生存者はいないが、リンジーはそこで奇妙な生命体を目撃。やがて嵐のせいで海上の基地とディープコアを結ぶケーブルが切れ、同基地の面々の生命に危機が迫る。

海賊王を目指す少年ルフィと仲間たちが、《ひとつなぎの大秘宝（ワンピース）》を求める冒険の航海を描き、累計およそ3億部という空前の大ヒットとなった尾田栄一郎のコミック「ONE　PIECE　ワンピース」。本作は、そのTVアニメの人気を受けた初の劇場版として、2000年春の「東映アニメフェア」の1作として公開された。莫大な黄金が眠るという大海賊の財宝をめぐり、映画オリジナルのストーリーが繰り広げられる。 大航海時代。海賊王を目指すルフィたち麦わらの一味は、富と名声と力の《ひとつなぎの大秘宝（ワンピース）》を求めて、偉大なる航路（グランドライン）に乗り出していた。ある日、彼らは悪党の海賊エルドラゴに捕まった少年トビオを助け出す。彼は、世界の黄金の3分の1を集めたという大海賊ウーナンに憧れていた。興味を抱いたルフィたちは、トビオとともに、ウーナンが隠れ住んでいたという黄金の島を目指すのだが……。

歴史学者であり冒険家のベン・ゲイツは、テンプル騎士団の秘宝の秘密を受け継ぐ一族の末裔。祖父に、秘宝は当時のフリーメイソンらによってイギリスの手に渡らないようにアメリカ建国時に封印されたと聞かされて育ったベンは、大人になってから富豪の冒険家イアン・ハウからトレジャーハントの出資を受ける。ある時、ハントの過程で彼は海泡石のパイプを発見し、「アメリカ独立宣言書」にその秘密が隠されていることを突き止める。

“生命の泉”を目指して繰り広げられる、ジャック・スパロウの新たな冒険！ 史上最恐の海賊・黒ひげが、永遠の生命をもたらすと言われる“生命の泉”を狙って動きだした時、ジャック・スパロウの前に、かつて愛した女海賊アンジェリカが現れ、呪われた航海へと誘う。時同じくして、ジャックの相棒ギブスの前に現れたのは、英国王に“生命の泉”を探す忠誠を誓い、海軍将校となった元海賊のバルボッサ。果たして、泉への鍵を握る“人魚の涙”を手に入れ、“生命の泉”へたどり着けるのは誰なのか―。