世界最高の凄腕スパイ・ランス（ウィル・スミス）は、活動を陰で支えている若き天才科学者ウォルター（トム・ホランド）が開発するガジェットを使って任務に当たっていた。しかし、ウォルターが新開発した装置のテスト中に誤動作が発生し、ランスは小さな鳩に変身してしまう。人間に戻ることが出来なくなってしまったランスは、鳩の姿のまま世界を震撼させる悪党キリアンに立ち向かうことになるのだが・・・。

ある暗く陰鬱な夜、常日頃は影に潜んでいるモンスター ・ハンターたちがリーダーの訃報を受けブラッドストーン邸に集う。亡きリーダーを偲びつつ、強力な遺品の相続人を決めるため、出席者たちが参加を余儀なくされたのは命がけの競技。勝利のためには危険なモンスターに立ち向かわねばならない。

ソ連崩壊前、ソ連の化学兵器工場に006ことアレックと共に侵入したボンドだったが、責任者のウルモフ大佐によりアレックが拘束されてしまう。ボンドはやむなく彼を見捨て秘密工場を爆破し、任務を達成した。 それから9年後。20世紀も終わりに近く、ソ連は既に崩壊していた。ボンドはモナコでロシアの犯罪組織「ヤヌス」のメンバーであるゼニアをマークしていたが、彼女と将軍になっていたウルモフは、対電磁波装甲を施したNATOの最新鋭戦闘ヘリコプター・タイガーを、デモンストレーションを行っていたフリゲート艦上から奪取・逃走する。 その後ゼニアとウルモフは、ロシアの秘密宇宙基地に現れ、ソ連時代の秘密兵器「ゴールデンアイ」を起動させ、兵士と職員を皆殺しにする。女性コンピューター技術士のナターリアは、奇跡的に生き残り脱出した。 ボンドは「ゴールデンアイ」とヤヌスの関係の手掛かりを求めてサンクトペテルブルクへ行き、そこで9年前殺されたはずのアレックと再会して、意外な真実を知る。

地中海を調査していた英国スパイ船「セント・ジョージ」が何者かが仕掛けた機雷によって沈没した。この船にはミサイルを自由に操って誘導できる装置、ATACが搭載されていた。それを知ったソ連はさっそくギリシャの組織にATACを手に入れるように依頼する。一方ボンドは政府にかわって調査していたハブロック博士が殺されたことによってギリシャへ飛ぶ。そこで博士の美しい娘メリナに接触し、彼女とともに調査を開始する。

00メンバーらによるジブラルタルでのNATOの演習訓練中、「スパイに死を」との標札とともに、004が殺害された。訓練に参加していた007ことボンドは暗殺者を追跡。死闘の末に暗殺者を倒す。 その後、ボンドはソ連が支配する東側のチェコスロバキアにいた。ソ連の重要人物コスコフ将軍から、ボンドを名指ししての亡命の協力依頼が英国情報部に入りその任務のために現地へ潜入していた。先に潜入していた同僚のソーンダースとともに、クラシック演奏会場から脱出したコスコフを援護する。

親友であるCIAのフェリックス・ライターの結婚式に向かう途中、「サンチェスが現れた」とDEA（麻薬取締局）の連絡を受け、ボンドとライターは現場に向かう。サンチェスはDEAが長年追っている麻薬王だったが、自身の人脈で固めた地元を離れてアメリカ領内に姿を見せたということは、二度とない捕獲のチャンスだった。 ボンドとライターは、サンチェスが逃走に使ったセスナをヘリコプターで釣り上げ捕らえ、スカイダイビングで花嫁デラが待つ教会に降り立った。 しかし、サンチェスは買収した捜査官キリファーの手助けで護送車から逃亡。新婚初夜のライター夫妻を襲い、デラを殺した上ライターを拉致してサメに足を食べさせてしまった。 帰国しようとしていたボンドは、空港でサンチェスの逃亡を知りライター宅に急いだが、そこで無残なライター夫妻の姿を発見する。ボンドは報復を誓うが、任務を逸脱した行為に対してMが自ら訪米、別件の任務を指示する。ボンドは辞職を示し、その場から逃走。単身、サンチェスの元へ乗り込む。

イギリス諜報部MI6はロシア当局と合同で、ロシア国境における武器取引マーケットの調査を行っていた。侵入したボンドの撮影した映像から、大量の武器と日本人テロリストの磯倉聡やアメリカ人のテロリストのヘンリー・グプタをはじめとする危険人物が集まっていることを確認したMI6は、ロシア側の合意によりイギリス海軍艦艇からの巡航ミサイル攻撃を行う。ところが、市場の商品の中に核魚雷がある事が判明、ミサイルは母艦から距離が離れすぎていた為自爆電波が届かず、ボンドには退避命令が出される。だが、ボンドは命令を無視して核魚雷を搭載した戦闘機諸共確保して飛び去り、チェルノブイリ以上の核汚染は阻止された。しかし、この代償に会場にいた危険人物の1人、ヘンリー・グプタは逃走してしまう。

ボンドは中南米某国のトロ将軍に変装し、将軍が管理する高性能偵察機を破壊すべく侵入する。本物の将軍に見つかり一旦は拘束されるが、CIA女性アシスタントのビアンカの誘惑で敵兵を惑した隙に超小型ジェット機（通称：アクロスター）で逃走。地対空ミサイルに追尾されるものの、前述の偵察機の格納庫内をすり抜けた直後にミサイルが格納庫を直撃、結果的に任務に成功する。 その頃、東ベルリンでピエロに成りすましサーカス団に潜入していた009は『レディーの卵（ファベルジュの卵）』（ロシア皇帝献上品）を持ち出したのを見つかり、投擲ナイフを特技とする双子の兄弟ミーシカとグリーシカにやられ、ベルリン英国大使館公邸に『卵』を持ち込み死亡する。

イギリスへ輸送中の、アメリカのスペース・シャトル、ムーンレイカーが何者かによって奪われた。事件の調査に乗り出したボンドは、背後に、人類抹殺を計画する組織があることを突き止める……。前作でも登場した、鋼鉄の歯を持つ殺し屋ジョーズが不死身の大活躍をみせる。主題歌シャーリー・バッシー。

ソ連国内でアメリカ製の半導体チップを持ち出した003が雪原で遭難。遺体から半導体チップを回収したボンドはソ連軍に追われるが、スキー&スノーボードで振り切って任務を果たす。 003の死体から発見されたのはマイクロチップ。このチップは従来のものと違い、核爆発で発生する強力な磁気にも対抗できるものだった。製造元のゾリン産業が怪しいとにらんだ英国情報部はボンドにゾリンの内偵を命じる。そこでボンドはチップの製造元であるゾリン社を調査する。 社長のマックス・ゾリンが所有する常勝の競走馬を調査するうちに、その馬からはマイクロチップに制御されたステロイド供給装置が見つかる。ゾリンを追ってサンフランシスコに潜入したボンドは彼がシリコンバレーを壊滅させ、マイクロチップ市場を独占しようとしていることを知る。