És el món el que sembla? Thomas Anderson, programador d'una important empresa de software i hacker informàtic amb el sobrenom de Neo, descobrirà que no. Contactarà amb ell un estrany grup encapçalat per Morfeu, qui el mostrarà la veritable realitat que s'amaga darrere l'aparença: un món dominat per les màquines, les quals esclavitzen la humanitat per a utilitzar els nostres cossos com a simple font d'energia. Però, i la nostra ment, on es troba aleshores? La resposta es troba dins Matrix.

Thomas "Neo" Anderson va prendre una costosa decisió quan va decidir fer la pregunta que Morfeu i Trinity havien formulat abans que ell. Cercar i acceptar la veritat. Alliberar la seva ment de Matrix. Ara, Neo adquireix un major domini dels seus extraordinaris poders mentre Sió cau assetjada per l'Exèrcit de les Màquines. Només una qüestió d'hores separa a l'últim enclavament humà a la Terra de 250.000 Sentinelles programats per destruir a la humanitat. Però els ciutadans de Sió, animats per la convicció de Morfeu que l'Elegit farà realitat la Profecia de l'Oracle i posarà fi a la guerra amb les Màquines, posen totes les seves esperances i expectatives en Neo, que es troba bloquejat per visions inquietants mentre cerca quines mesures prendre.

Hannon Fuller, un magnat dels negocis i empresari emprenedor, mor en estranyes circumstàncies. El seu amic i ma dreta a la feina, Douglas Hall, es veu arrossegat a una voràgine de crim i decepció quan la mort del seu superior li comença a revelar una perillosa doble vida que es mou entre dos mons paral·lels, un el 1937 i un altre en el present...

David Aames ho té tot: és guapo, té diners i una bonica dona al seu costat. Però just quan ha trobat el veritable amor a Sofia, pateix un accident d'automòbil que li deixa la cara horriblement desfigurada i ho perd tot.

Queden vint hores per a la irrupció de les màquines a Sió, el darrer bastió dels humans lliures. Mentre el cos de Neo roman en coma, la seva consciència es troba a terra de ningú, en un lloc entre el món humà i el de les màquines.

Nic, la seva novia Haley i el seu millor amic Jonah són tres estudiants universitaris que estan plantejant-se el seu futur. En Haley es trasllada durant un any, i Nic i en Jonah l'estan ajudant amb la mudança a l'altra punta d'Estats Units. El seu viatge per carretera a través del sud-oest acaba fent marrada per localitzar a un geni informàtic que ja ha aconseguit colar-se en els sistemes del MIT i treure a la llum errades de seguretat. En Nic i en Jonah han encuriosit d'aquest misteriós hacker, i viceversa. Cada vegada es van apropant més, s'intercanvien provocacions online i el trio es veu atret a una zona aïllada. Cau la nit, estableixen contacte i de sobte tot s'enfosqueix. Quan Nic recobra el coneixement, es troba vivint un malson. Els seus amics no apareixen per enlloc i la seva única pista és l'home que l'està interrogant meticulosament, el Dr. Wallace Damon.

El mateix tallador de gespa, que temps enrere es va convertir en un superhome gràcies a la realitat virtual, té ara la clau del futur al xip que necessita per completar el seu imperi ciberespecial. I no està disposat a aturar-se davant de res ni davant de ningú.