Seorang siswa mencoba untuk memperbaiki masalah yang tidak sengaja dia sebabkan di OZ, dunia digital, sambil berpura-pura menjadi tunangan temannya di ulang tahun neneknya yang ke-90.

Kota manusia Zion mempertahankan diri dari invasi besar-besaran mesin saat Neo berjuang untuk mengakhiri perang di front lain sekaligus melawan Agen Smith.

Kisah Neo berlanjut, perjuangan kali ini akan lebih sulit dari sebelumnya. Perang antara dua dunia kembali lagi terjadi. Diganggu oleh kenangan aneh, kehidupan Neo berubah secara tak terduga ketika dia menemukan dirinya kembali kedalam Matrix.