De film vertelt het verhaal van Harvey Milk (Sean Penn). Harvey Milk was het eerste homoseksuele gemeenteraadslid van San Francisco en was één van de allereerste activisten voor gelijke rechten. Milk leert in deze periode onder andere de activisten Cleve Jones (Emile Hirsch) en Scott Smith (James Franco) kennen waarmee hij verschillende mooie, maar ook dramatische momenten beleeft.

Wanneer de jonge, knappe ex-marinier Clayton Boone aan de slag gaat als tuinman bij een humeurige oude man, wordt hij met stomheid geslagen wanneer blijkt dat deze excentrieke kluizenaar niemand minder is dan James Whale, de geestelijke vader van de Frankenstein films uit de jaren '30.

Steven Russell is gelukkig getrouwd met Debbie en werkt bij de lokale politie totdat een dramatisch auto ongeluk een heroverweging van zijn leven oproept. Steven realiseert zich dat hij homo is en besluit alles uit het leven te halen, zelfs als hij daar de wet voor moet overtreden. Stevens nieuwe extravagante levensstijl omvat oplichting en fraude, wat hem uiteindelijk in de gevangenis doet belanden. Hier ontmoet hij de gevoelige Phillip Morris.

Alexander de Grote was een Macedonische strijdheer die negentig procent van de toen bekende wereld veroverde door zijn leger 22.000 mijl in acht jaar af te laten leggen. Alexander trok via het Perzische Rijk naar Egypte en van daaruit naar India in het Oosten. Het verhaal richt zich op deze acht rumoerige jaren en op Alexander's relatie met zijn jeugdvriend en strijdmakker Hefaistion.

Wanneer alle aardse bronnen zijn uitgeput, breken grote oorlogen uit op verschillende planeten, om de bewaarde voorraden te stelen van elkaar. Moon 44 is de sleutel voor een vijandelijke overname. Gevangenen worden naar de Moon 44 gebracht om speciale helikopters te leren besturen en de voorraden te verdedigen.

Een 2e jaars leerling krijgt aan het begin van het schooljaar een knappe nieuwe huisgenoot toegewezen.