El món és un erm desolat anomenat Sandland, habitat per humans i dimonis. L'aigua és molt cara i la gent de Sandland pateix sempre set. Un vell xèrif demana a Beezlebub que l’ajudi a trobar l'esquiu llac Phantom i això els durà a enfrontar-se a l'exèrcit del rei.

És el món el que sembla? Thomas Anderson, programador d'una important empresa de software i hacker informàtic amb el sobrenom de Neo, descobrirà que no. Contactarà amb ell un estrany grup encapçalat per Morfeu, qui el mostrarà la veritable realitat que s'amaga darrere l'aparença: un món dominat per les màquines, les quals esclavitzen la humanitat per a utilitzar els nostres cossos com a simple font d'energia. Però, i la nostra ment, on es troba aleshores? La resposta es troba dins Matrix.

Ido, un compassiu metge de cíborgs, troba Alita abandonada en el desballestament d'Iron City. Quan Alita desperta, no sap qui és, ni reconeix el món on es troba, tot és nou per a ella. Ido intentarà protegir Alita del seu misteriós passat, mentre que el seu nou amic Hugo l'ajudarà a despertar els records. En aquest moment, Alita descobreix que té habilitats de combat extraordinàries, que podria utilitzar per salvar la seva nova família i amics. Decidida a trobar la veritat després dels seus orígens, Alita comença un viatge que l'enfrontarà a les injustícies d'un món fosc i corrupte, descobrint que només pot canviar-la.

Thomas "Neo" Anderson va prendre una costosa decisió quan va decidir fer la pregunta que Morfeu i Trinity havien formulat abans que ell. Cercar i acceptar la veritat. Alliberar la seva ment de Matrix. Ara, Neo adquireix un major domini dels seus extraordinaris poders mentre Sió cau assetjada per l'Exèrcit de les Màquines. Només una qüestió d'hores separa a l'últim enclavament humà a la Terra de 250.000 Sentinelles programats per destruir a la humanitat. Però els ciutadans de Sió, animats per la convicció de Morfeu que l'Elegit farà realitat la Profecia de l'Oracle i posarà fi a la guerra amb les Màquines, posen totes les seves esperances i expectatives en Neo, que es troba bloquejat per visions inquietants mentre cerca quines mesures prendre.

Xina, segle X, durant la dinastia Tang. El palau imperial s'omple de flors daurades per celebrar el Festival Chong Yang. El retorn inesperat de l'emperador i del príncep per celebrar la festa en família resulta sospitós, ja que la relació amb l'emperadriu és molt freda a causa d'una relació il·lícita d'ella amb Wan, el seu fillastre.

Queden vint hores per a la irrupció de les màquines a Sió, el darrer bastió dels humans lliures. Mentre el cos de Neo roman en coma, la seva consciència es troba a terra de ningú, en un lloc entre el món humà i el de les màquines.

Després d'haver estat contaminades amb una misteriosa substància química, anomenada Ooze, quatre tortugues que viuen a les clavegueres de Nova York es transformen i muten, de sobte, en grans tortugues. Ara poden parlar i caminar com un ésser humà. Entrenades per una vella però sàvia rata (el Mestre Estellicó) les quatre tortugues, Leonardo, Michaelangelo, Donatello i Rafael, aprendran tècniques ninja per enfrontar-se als criminals més perillosos. Els seus enemics són els membres d'una secta anomenada "El clan del peu", liderada per l'Esquarterador, que vol esdevenir l'amo del món.

Al Japó, al segle XVII. Quatre samurais persegueixen el príncep Kenshin que s'ha amotinat contra el seu pare. Detingut i empresonat, Kenshin agafa un ceptre. Dels nostres dies, a Nova York, la periodista April O'Neil, ha vingut a oferir als seus amics Leonardo, Donatello, Raphael, Michelangelo i Splinter el mateix ceptre que ha trobat en un antiquari. Mentre que en llegeix la inscripció, desapareix i Kenshin apareix en el seu lloc. Les quatre tortugues Ninja tornen al segle XVII per lliurar April i ajudar la princesa Mitsu a resistir a la invasió de les tropes del rei Norinaga. Seran ajudats per un jove pirata Whit Whitley, l'avantpassat de Casey Jones…