人里離れた雪山の山荘で、男が転落死した。はじめは事故と思われたが、次第にベストセラー作家である妻サンドラに殺人容疑が向けられる。現場に居合わせたのは、視覚障がいのある11歳の息子だけ。証人や検事により、夫婦の秘密や嘘が暴露され、登場人物の数だけ＜真実＞が現れるが──。

1999年、東南アジア某国で、PKO部隊として日本から派遣された陸自レイバー小隊が、戦闘車輌を持つゲリラ部隊と接触、本部からの発砲許可を得られないまま一方的に攻撃を受けて壊滅する。しかし一人の生存者がいた。破壊されたレイバーから脱出した彼がそこで見たのは、異教の神像が見下ろす古代遺跡であった。そして、彼は「彼岸の人」となった。 「方舟」の一件から3年後の2002年冬、かつての特車二課第2小隊の面々は、隊長の後藤と山崎を除いて新しい職場に異動し、それぞれの日々を送っていた。そんなある日、横浜ベイブリッジで爆破事件が起こり、それは自衛隊の戦闘機F-16Jらしき物体から放たれた一発のミサイルによるものであることがテレビによって報道される。そして、これがすべての始まりであった。

平凡ながら幸せに暮らす教師のジュリアン（ヴァンサン・ランドン）と編集者のリザ（ダイアン・クルーガー）。ある日、リザが上司を殺した罪で逮捕されてしまう。リザの無罪を晴らせないまま3年のときが過ぎ、ジュリアンは息子オスカル（ランスロ・ロッシュ）とリザとの3人で暮らすためにある計画を画策するが……。

FBIにはMindhuntersユニットのエージェント向けのトレーニングプログラムがあり、シリアルキラーの追跡方法を教えています。 エージェントのグループは、指導のハードコースを終了しようとしています。 最後の証拠が残っているだけです：週末に離島で架空の犯罪を解決しますが、誰も知らないのは、最新の殺人テクニックで訓練され、彼らよりも速く考えることに慣れているということです 行う。 ゆっくり、系統的に、殺人者はそれらを一つずつ排除します。 犯罪が発生すると、エージェントは互いに不信感を抱き始めるため、誰もが疑われ、致命的な危険にさらされます。

ある日、東京湾に輸送機が墜落する。その後湾岸の各所で何者かによってレイバーが襲撃される事件が連続して発生。警視庁城南署の刑事、久住と秦は各所で聞き込み捜査を進め、墜落事件の後に巨大なハゼが釣れていた事、墜落した輸送機の貨物コンテナに不審な点があることなどの奇妙で不審な点を突き止める。 その後、6月8日の雨の夜に若者の集うディスコクラブ「バビロン」で車に乗ったカップルの惨殺死体が発見される。時を同じくして近隣にあるバビロン工区の水上コンテナ備蓄基地で突如警報が作動し、停電と共に内部の職員と連絡がとれなくなる、という事態が発生。 近くを走行中のパトカー（城南4）に偶然乗っていた久住と秦は、警備員の通報を受けパトカーに乗る警官らと共に現場に急行。施設内部へと分け入る。しかし、そこで彼らが遭遇したのは廃棄物13号（WXIII）と名付けられた異形の怪物だった。

以前アスリートだったFBI捜査官ジョニー・ユタは、エクストリームスポーツのカリスマ、ボーディが中心となっているアスリート犯罪集団への潜入捜査を開始する。彼らには、卓越した能力を使って、犯罪行為を繰り返している疑いが掛かっていた。しかし、ユタは彼らと危険な行動を共にするうち、ボーディに対し信頼と友情を抱くようになる。

エラはインテリアデザイン界の新星で、雑誌に載るような家に住み、愛する夫と結婚している。しかし、エラは社会的にはのけ者である、理由は…子供を欲しがらないからだ。エラは、解決すべき問題は妊娠能力にあると捉える臨床試験の存在を知り、参加を決意する。しかし、その代償は？

巨大な河のほとりで、人類は目覚めた。地球に生まれ、死んでいった者全てが、過去の記憶を持ったままその河辺で蘇った。まさに宗教入っちゃいました系な復活だったが…河岸には謎の物質生成機が点々と設置され、そこから生成されたのは弁当とタオル地の服。どうも何者かが怪しい目的で皆を「製造」したらしいのだ。かくて野蛮で猥雑な人類の歴史が、未知の河のほとりで再開された。そんな折、元宇宙飛行士のジェフは「蒸気船を建造して源流まで冒険しよう」という男に出会う。そこには彼らを作った超文明人たちがいるはずなのだ…。