Ergens in Tokio bevindt zich een kamer. In deze kamer bevindt zich een zwarte bol. Zo nu en dan worden er personen, die eigenlijk hadden moeten sterven, naar deze kamer gebracht. De bol geeft hen speciale uitrusting en wapens met de opdracht om alle aliens op aarde te vermoorden.
Team Kakashi wordt op een missie gestuurd om de sporen van de ontbrekende kekkei genkai-zwaaiende ninja te volgen, die hen naar Mount Shumisen leidt , gelegen tussen het Land van de Aarde en Kusagakure . Sai , die op zijn inktvogel vliegt , wordt aangevallen door een vogel die aanvalt met explosieve tag- achtige veren.
Er zijn twee jaar verstreken sinds de Grote Oorlog. Akito en Yurika zijn verdwenen. De Jovians en de Earthlings hebben hun krachten gebundeld en Ruri is nu kapitein van Nadesico B. Naarmate de populariteit van Boson Jumping groeit, is er een uitgebreid transportnetwerk ontwikkeld. Dit netwerk van Chulip-portals, ook wel het Hisago-plan genoemd, bevat de antwoorden op de mysteries achter Bose-deeltjes en hun kracht. Als deze geheimen in de verkeerde handen vallen, kan dat grote problemen betekenen. En er zijn grote problemen. Een splintergroep van Mars heeft een offensief gelanceerd, waardoor de Verenigde Strijdkrachten verward en wanhopig achterblijven. Zo erg zelfs dat de voormalige bemanning van de Nadesico wordt teruggeroepen naar actieve dienst voor een speciale, niet-goedgekeurde missie: om ons allemaal te redden. Heeft deze menagerie van buitenbeentjes wat nodig is? Wie wint de race om de Boson-technologie? En wat is er in vredesnaam met Akito en Yurika gebeurd?
Ash en zijn vrienden zijn uitgenodigd op een groot festival, waar gevierd wordt dat lang geleden held Sir Aaron en zijn Pokémon Lucario de wereld hebben gered van de ondergang door gebruik te maken van de krachten van een Magische Boom. Ash en Pikachu winnen de Pokémon wedstrijd, krijgen de titel 'Beschermer van Aura' en mogen de staf van Sir Aaron voor een avond vasthouden. De staf waarvan men denkt dat de verdwenen Pokémon Lucario er al jaren in gevangen zit. Maar de feestvreugde is snel voorbij als de mysterieuze Pokemon Mew opduikt en Pikachu meeneemt. Op datzelfde moment weet Lucario uit de staf van Sir Aaron te ontsnappen. Met hulp van Lucario gaat Ash op zoek naar de Magische Boom en de legendarische Pokémon Mew. De toekomst van de wereld hangt nu af van de hechte vriendschap tussen mensen en Pokémons.
Een vreemde meteoor met een krachtig geheim stortte vier jaar geleden neer op aarde. Nu lijkt het erop dat de meteoor eindelijk zijn geheim gaat prijsgeven. Net nu Ash, Pikachu en alle andere Pokemon vrienden op weg zijn naar Larousse City. Aangekomen in deze "high tech"(TM) stad ontmoeten ze Tory, een nieuwe vriend die bang is voor Pokemon en hun trainers. Plotseling verschijnen er mysterieuze lichten boven de stad en tegelijkertijd verschijnt Deoxys, een Pokemon zoals je nog nooit hebt gezien! Dan ontstaat er een strijd tussen Deoxys en de Pokemon Rayquaza. Ash, Pikachu en hun vriendjes moeten alles op alles zetten om ze te stoppen!
Rudolf, een zwarte zwerfkat, wordt plotseling gescheiden van zijn geliefde meester. Hij wordt onverwachts wakker in een vrachtwagen die hem naar metropool Tokio brengt. Daar ontmoet hij Ippai-attena, een grote baas kat die door iedereen in de stad wordt gevreesd. Rudolf kan niet naar huis terugkeren en begint een leven als zwerver met Ippai-attena, maar Ippai-attena is niet alles wat hij lijkt te zijn.
Het schooljaar eindigt bij Acme Looniversity en de Tiny Toon-personages kijken uit naar een zomer vol plezier. Buster en Babs Bunny veranderen een watergevecht in een wildwatervarentocht door het gevaarlijke diepe zuiden; Plucky Duck en Hamton Pig delen de meest onmogelijk vreselijke autorit die je je kunt voorstellen op weg naar HappyWorldLand; Fifi's blind date wordt een 'skunknophobische' nachtmerrie; en een safaripark staat op zijn kop door Elmyra's zoektocht naar 'schattige katjes om te knuffelen en te knijpen'.
Al je Pokémon-vriendjes zijn weer terug voor eennieuw avontuur. Ash, Max, Pikachu en alle anderen zijn te gast op het 'Wishing Star of Seven Days'-festival. Een festival dat wordt gehouden ter ere van de Millenium Comet, welke eens in de 1000 jaar te zien is. En in de zeven dagen dat de komeet te zien is, zal Jirachi, een Pokémon met enorme krachten ontwaken. De tovenaar Butler wil de krachten van Jirachi echter gebruiken voor zijn eigen doortrapte plan: Het oproepen van de machtige Pokémon Groudon. Zal het onze vrienden lukken om Butler tegen te houden en Jirachi te beschermen...?
De film begint rond Agumon, Gaomon en Lalamon, wier partners samen met de rest van de stadsbevolking in een magische slaap zijn geplaatst door een mysterieuze doornige wijnstok die zich door de stad verspreidde. Terwijl de Digimon zich een weg banen door de stille stad, komen ze een roedel Goblimon tegen, geleid door een Ogremon, die een jong meisje aanvallen. Ze schrikken de goblins af, en het meisje, Rhythm, onthult dat ze eigenlijk een Digimon is, en legt vervolgens uit dat de doornen het werk zijn van een Digimon genaamd Argomon. Het kwartet gaat de confrontatie aan met de slechterik bovenop zijn wolkenkrabberhol.
Een moedig team van helden vecht tegen de boze koning van de planeet Voice, die van plan is de aarde omver te werpen door middel van bedrijfsovervallen in deze anime-parodie op Super Sentai/Power Rangers-programma's. De leden van de Special Duty Combat Unit Shinesman gebruiken de tijd tussen vergaderingen en deadlines bij de Right Corporation om de tegenstanders neer te halen.