Naruto, mittlerweile der siebte Hokage von Konoha, widmet sich nun ganz der Ausbildung der nächsten Shinobi-Generation. Während der Chunin Auswahlprüfung sollen die neuen Shinobi ihr Können unter Beweis stellen. Unter den Teilnehmern sind Sarada, Sasukes und Sakuras Tochter, der geheimnisvolle Mitsuki und Narutos und Hinatas ungestümer Sohn Boruto, der zwar sehr nach seinem talentierten Vater kommt, sich aber frustriert von ihm abwendet. Sasuke, der gerade eigentlich auf einer Mission ist, erscheint Naruto, um ihn vor einer kommenden Gefahr zu warnen. Wenig später platzen Momoshiki und Kinshiki Otsutsuki in die Prüfungen, um Naruto zu töten. Als dieser verschwindet, machen sich Sasuke, die fünf Kage und Boruto auf, um Naruto zu finden und die Feinde zu besiegen.

Nachdem der große Krieg gegen Madara gewonnen ist, geht es in Konoha friedlich zu und Naruto wird als Held gefeiert und ist in seinem Dorf so beliebt wie noch nie. Die Idylle wird allerdings jäh unterbrochen, als der Mond scheinbar auf die Erde zu fallen droht und der Kampf ums Überleben erneut beginnt. Nachdem Hinatas jüngere Schwester Hanabi über Nacht plötzlich entführt wird, sendet Hokage Kakashi einen Rettungstrupp bestehend aus Naruto, Hinata, Sakura, Shikamaru und Sai aus, um den Geschehnissen auf den Grund zu gehen und Hanabi zu befreien. Dabei kommen sich Naruto und Hinata immer näher und als auch sie von einem mysteriösen Shinobi entführt wird, ist Narutos Wille, sie zu retten, entfesselt.

Kakashi hat eine Grillparty organisiert, bei der sich die Teams der jungen Ninja zusammengefunden haben. Als er kurz verschwindet, um sich ein Getränk zu kaufen, findet Naruto eine alte Flasche. Als aus dieser dann ein Flaschengeist kommt, glaubt das Team 7 erst nicht daran, doch als zwei der drei Wünsche sinnlos verschwendet wurden, beginnt ein Kampf um den letzten Wunsch.

In diesem Special geht es um das Team 7, sprich Naruto, Sasuke und Sakura, die versuchen, das Sportfestival der Genins zu gewinnen. Der Preis ist dieses Mal eine Woche Urlaub und die drei geben natürlich ihr Bestes. Zum großen Stolperstein dieses Vorhabens könnte Naruto werden, der während des kompletten Sportfestivals alles anderes als konzentriert zu sein scheint …

Naruto und Sakura haben beide das Gefühl, als wenn die Welt, in der sie leben, mehr als ungerecht ist. Sakura, die von ihren Eltern genervt ist, hält es allmählich nicht mehr aus. Und auch Naruto merkt, wie arg er seine Eltern eigentlich vermisst. Durch Uchiha Madara passiert es jedoch, dass die beiden in eine Art Paralleluniversum geschickt werden, in der sich alles ins Gegenteil wandelt. Sakura, die nun ohne Eltern lebt, da diese einst das Dorf gerettet haben und sich hierbei geopfert haben und Naruto, der seine Eltern wieder in die Arme schließen kann. Doch hinter der Illusion versteckt sich ein weiterer Gegner, der Konoha bedroht und das Gleichgewicht der Welt auseinander reißen will. Können Naruto und Sakura ihn stoppen und in ihre Welt zurückkehren? Oder wollen sie es überhaupt noch?

Kakashis Team 7 erhält den Auftrag, Shibuki, den neuen Anführer des Takigakure-Dorfes, zurück in seine Heimat zu begleiten. Eigentlich schon am Ziel erhält Kakashi einen Notruf, der ihn nach Konoha zurückführt, wodurch Naruto, Sasuke und Sakura alleine zurückbleiben, um die Mission zu beenden. Wie der Zufall es will, wird Takigakure just in diesem Augenblick von einer Gruppe abtrünniger Ninjas angegriffen, die es auf das sogenannte Heldenwasser abgesehen haben. Nun ist es an der Zeit zu zeigen, aus welchem Holz die Ninjas aus Konoha geschnitzt sind.

Überall verschwinden mächtige Ninja, außer in Konoha, weshalb nun alle Menschen davon ausgehen, dass jenes Dorf dahinter stecken könnte. Es droht sogar, dass ein neuer Krieg ausbricht und so das Gleichgewicht der Machtverhältnisse zerstört. Doch in Wahrheit steckt Hiroku, ein abtrünniger Ninja, hinter all dem, denn er will die Kraft dieser Ninja nutzen, um mächtiger als jemals zuvor zu werden. Dafür hat er jedoch nur Zeit bis Sonnenuntergang und die Ninja rund um Naruto sind ihm schon auf den Fersen...

Sakura, Sasuke und Naruto schauen sich im Kino einen Film an. Kakashi hat sie dazu aufgefordert und das hat seinen Grund. Die Drei sollen die Darstellerin der Rolle der Prinzessin beschützen, das heißt auf Schritt und Tritt begleiten. Sie gilt als äußerst schwierig und verlässt häufiger einfach den Drehort. Naruto verliebt sich gleich in diese junge Dame, muss aber feststellen, dass sie wirklich sehr eigenwillig ist. Sie gibt zum Beispiel im Gegensatz zu anderen Schauspielern keine Autogramme. Die nächsten Dreharbeiten sollen nun im Land des ewigen Schnees stattfinden, wo es keinen Frühling gibt, und damit beginnt der schwierige Teil der Mission von Kakashis Team.

Eine mysteriöse Gruppe von Ninjas startet einen Überraschungsangriff auf Konoha, bei dem die Stadt großen Schaden nimmt. Dadurch könnte der Alptraum aller Shinobi, ein weiterer Shinobi Weltkrieg, Realität werden. Sasuke, welcher Konoha verlassen hatte, um seinen Bruder Itachi zu töten, taucht erneut vor Naruto an einem unbekannten Ort auf, um diesen Krieg zu verhindern.

Naruto wird vorgeworfen, mehrere Jounin aus Kirigakure und Iwagakure getötet zu haben und einen Anschlag auf den Raikage verübt zu haben. Im Prozess wird er für schuldig erkannt und landet im Gefängnis in Houzukijou, dem Blood Prison. Master Mui, der Leiter des Gefängnis, bedient sich dabei einer ulimativen Technik, um die Kräfte der Häftlinge zu versiegeln. Gerade jetzt wird es Naruto zum Verhängnis, der im Kampf um seine Unschuld auch noch auf der Abschussliste einer Organisation landet...

Naruto, Sakura, Lee und Kakashi bekommen den Auftrag den Prinzen aus dem Land des Mondes bei seiner Weltreise zu eskortieren. Da der König des Landes über ein enormes Vermögen verfügt, kann sich auch der Prinz alles leisten, was er haben möchte, was darin endet, dass er einen gesamten Zirkus kauft. Aber damit beginnen die Probleme, denn eine 3 köpfige Ninjagruppe heftet sich an ihre Fersen

Auf der Jagd nach dem flüchtigen Ninja Mukade gelangt Naruto in die Ouran- Ruinen. Als es ihm endlich gelingt, Mukade an einer mächtigen Ley-Linie zu stellen, aktiviert dieser die unbegrenzte Kraft der Linie und schickt Naruto 20 Jahre in die Vergangenheit. Schnell stellt Naruto fest, dass er nur mit der Hilfe eines Mannes wieder in seine Zeitlinie zurückkehren und Mukade aufhalten kann. Nur ist dieser Mann ausgerechnet Minato Namikaze, der vierte Hokage.

Naruto, Sakura und Shikamaru befinden sich auf einer Mission als sie plötzlich von Truppen, die von einem mysteriösen Ritter befehligt werden, angegriffen und getrennt werden. Naruto liefert sich einen Kampf mit einem der Angreifer namens Temujin und beide stürzen eine Schlucht hinunter. Shikamaru entdeckt derweil eine riesige, wandelnde Festung und stößt bald auf ein dunkles Geheimnis.