Der legendäre Schwertkämpfer Kenshin Himura, hat nach der Meiji-Restauration aufgehört, mit dem Schwert zu töten. Er versucht ein friedliches Leben mit Kaoru Kamiya zu führen, die im Dorf eine Schwertkampfschule betreibt. Doch dieses nimmt ein jähes Ende, als sein Lieblingsrestaurant Akabeko zerstört wird. Kenshin Himura findet dort eine Notiz mit der Aufschrift „Jinchū“, die Unheil verspricht.
Japan im 17. Jahrhundert. Wenige Jahre nach den Klankriegen hat das Tokugawa-Shogunat das Land mit eiserner Hand unter sich vereint. Dies ist die Zeit, in der Legenden geboren wurden. Itto Ogami, der oberste Scharfrichter des Shoguns, erwartet die Häscher seines Herrn in weißer Trauertracht. Doch anstatt dem Befehl des Shoguns zum Selbstmord Folge zu leisten, tut er das Unfassbare: Er flieht mit seinem Sohn Daigoro um Rache zu nehmen am Klan der Yagyu, die seine Frau getötet und ihn um die Gunst des Shoguns gebracht haben. Ogami wird zu Okami, dem einsamen Wolf, und betritt mit seinem Sohn den blutigen Weg der Rache, auf dem ihn nur seine überlegene Schwertkunst am Leben hält.
Itto Ogami erhält den Auftrag, die tätowierte Killerin Oyuki, die den von ihr gemordeten Samurais die Haarknoten abschneidet, zu töten. Gleichzeitig trifft er auf ein Mitglied des Yagyu-Clans, der für den Tod seiner Frau und für die Ächtung des einsamen Wolfes verantwortlich ist, da er seinerzeit bei dem entscheidenden Zweikampf um das Amt des Kaishakunin gegen Ogami unterlag.
Ittô Ogami erhält den Auftrag, die fünfjährige Prinzessin des Kuroda-Clans und deren Eltern zu ermorden. Zuvor muss er sich der Prüfung durch fünf Schwertkämpfer unterziehen. Diese tragen jeweils ein Fünftel seines Soldes, sowie ein Fünftel der Informationen bei sich, die Ogami zur Erfüllung seines Auftrages benötigt...
Der Handlungsort des Filmes ist ein Nachtasyl, in dem mehrere gescheiterte Existenzen (eine Hure, ein straffällig gewordener Gelehrter, ein heruntergekommener Samurai, ein alkoholkranker Schauspieler, ein Dieb und ein Handwerker mit seiner sterbenskranken Frau) Obdach finden. Es ist die Geschichte mittelloser, ausgebeuteter und erniedrigter Menschen, die sich alle nach einem besseren Leben sehnen, jedoch nicht in sich selbst die Kraft finden, ihr Leben zu ändern. Im Mittelpunkt der Handlung steht ein freundlicher buddhistischer Priester, der ebenfalls noch im Nachtasyl Obdach findet. Er versucht den Charakteren bei ihrer Selbstfindung zu helfen und sie so zu einem besseren Leben zu führen. Da er aber deren physische und psychische Abhängigkeiten verkennt, scheitert er und richtet nur noch größeres Unheil an.
Die Wanderung des einsamen Wolfs Kozure Okami führt weiter durch das Japan der Edo-Zeit. Söldner machen die Straßen unsicher, junge Frauen werden in die Prostitution verkauft, Dörfer niedergebrannt. In dieser Welt beweist Kozure Okami einmal mehr, dass auch ein Ronin, der seine Ehre verloren hat, ein aufrechter Mann ist. Er nimmt Folter auf sich, um eine Frau aus den Händen der Yakuza zu befreien, und stellt sich der Armee des feigen, aber intriganten Gouverneurs. Auch auf dem weißen Pfad der Hölle kann man den wahren Weg des Kriegers gehen.
Retsudo Yagyu, das Oberhaupt des Yagyu-Klans, hat bereits drei Kinder in seiner Fehde mit Kozure Okami verloren. Nun schickt er auch seine Tochter Kaori und seinen unehelichen Sohn Hyoei dem einsamen Wolf entgegen. Hyoei ist der Herr der Tsuchigumo, Krieger, die sich an keinen Ehrenkodex halten. Da sie Kozure Okami und Daigoro in einem offenen Kampf nicht besiegen können, töten sie gemäß ihrer Fünf-Räder-Technik der psychologischen Kriegsführung alle, die mit den beiden in Kontakt kommen. Gleichzeitig versucht Retsudo den Shogun dazu zu bringen, Kozure Okami zum Staatsfeind zu erklären. Dann würden ihn und Daigoro jeder Daimyo und jeder Gouverneur in ganz Japan jagen... (Quelle: rapideyemovies.de)
Als Kenshin, Sanosuke, Kaoru und Yahiko in Yokohama ankommen, sehen sie eine Auseinandersetzung zwischen einigen betrunken westlichen Seeleuten und einer japanischen Frau. Ein bewaffneter Samurai tritt dazwischen, um die Frau zu schützen. Daraufhin kommt es zu einer Schlägerei, aus der der Samurai als Gewinner hervorgeht. Es stellt sich heraus, dass die Frau die Schwester einer Person ist, die Kenshin am Ende der letzten Dynastie getötet hat. Der unbekannte Samurai stellt sich Kenshin als Takimi Shigure vor. Er ist der Verlobte der Frau und somit ein guter Freund der Person, die Kenshin getötet hat. Noch weiß dieser nicht, dass Kenshin der Mörder war.
Im 19. Jahrhundert ist Edo eine geschäftige Großstadt und das kulturelle Zentrum Japans. Inmitten des bunten Treibens lebt der bekannte Maler Hokusai, dessen Holzschnitte später Weltruhm erlangen sollten. Doch unter seinem Namen schuf auch Tochter O-Ei viele dieser Werke mit ebenso großer Kunstfertigkeit. Locker verwobene Episoden zeigen sie als selbstständige Frau mit eigenem Kopf, die nicht nur furchterregende Drachen, sondern auch wunderschöne Frauen malt.
Japan im 16. Jahrhundert ist innenpolitisch ein Scherbenhaufen. Provinzfürsten nutzen die Schwäche des alten Shogun, um sich mit Waffengewalt im Nachbar-Territorium neue Besitzstände zu erschließen. Statt Gesetz regieren Korruption und blanke Gewalt. Der junge Fürst Kagetora hat eben erst den Erbfolgekrieg gegen seinen machthungrigen Bruder gewonnen, da klopft schon Konkurrenz-Feldherr Takedo an die Reichspforten, um neue Schlachten anzuzetteln. Takedo ist ein Intrigant reinsten Wassers und treibt sogar einen Keil zwischen Kagetora und seinen Mentor und Schwiegervater in spe. Doch Kagetora ist der geschicktere Stratege und stellt dem anrückenden gegnerischen Heer eine vernichtende Falle.