Veteran perang Amerika ini direkrut untuk mengajarkan taktik militer modern di Jepang tahun 1870-an, lalu terjebak di dalam konflik antara sang kaisar dan para samurai.

Kota manusia Zion mempertahankan diri dari invasi besar-besaran mesin saat Neo berjuang untuk mengakhiri perang di front lain sekaligus melawan Agen Smith.